Masyarakat Indonesia adalah masyarakat majemuk, dengan keragaman suku, budaya, agama dan bahasa yang bisa menjadi potensi, tetapi juga hal yang kontraproduktif jika tak ditangani dengan benar karena adanya beberapa rancangan undang-undang Sisdiknas yeng menjadi sangat kontroversi. Saat ini banyak pihak menggugat karena saat seorang siswa menimba ilmu dilembaga pendidikan yang dikelola oleh agama yang berbeda dengan agama siswa tersebut,Ia sering ataupun tidak memperoleh haknya untuk belajar pendidikan agamanya sendiri.Hal ini membuat pemerintah, melalui komite reforemesi Pendidikan,merancang Sisdiknas baru namun begitu kontroversi. Seperti pada pasal 13 ayat (1)huruf a)yang mengatakan bahwa setiap peserta didik pada satuan pendidikan berhak mendapakan pendidikan agama yang dianutnya dan diajarkan oleh pendidik yang seagama disemua jenjang dan jenis pendidikan.
Dari isi pasal diatas dapat kita simpulkan bahwa Bagi lembaga pendidikan islam harus konsekwensi bila ada siswanya yag beragama selain agama islam. Mereka harus disediakan guru agama yang seagama dengan siswa tersebut.begitu pula dengan lembaga pendidikan non islam lainnya.bila ada siswa yang beragama selain agama itu sendiri, mau tidak mau lembaga ituharus menyediakan guru yang seiman dengan siswa itu. Bila kita mengkajinya lebih jauh,sebenarnya hal ini adalah sesuatu yang bernilai positif.siswa telah diajarkan agama mereka sendiri sejak mereka berusia dini yang berarti siswa telah diajarkan nilai-nilai pluralisme yang mana dalam esensinya ada toleransi sesama umat beragama. Banyaknya konflik yang berdasarkan masalah agama acap kali terjadi dikarenakan tidak adanya sebuah lembaga memperkenalkan nilai-nilai pluralisme dan sikap toleransi antar agama sejak dini.Usaha Awal membentuk toleransi dalam negara kita ini dapat kita coba dengan penanaman nilai agama yang benar dan dimulai dari lingkup pendidikan paling rendah hingga pendidikan yang penuh dengan pemikiran yang rasionalis(pendidikan tinggi) dimana diawali dengan pendidikan keagamaanyang harus disampaikan oleh orang yang tepat atau guru yang seiman dengan siswa yang diajarkan yang merupakan sine qua non.
Masalah lainnya adalah isi kandungan pasal 5 ayat 6 yang mengacu pada masalah ideologi kapitalis dan eksklisifisme suatu pendidikan dimana isi pasal ini yaitu pendidikan diselenggarakan berdasarkan otonomi,akunbilitas publik dan jaminan mutu. Meski telah dikaji merupakan hal yang positif pula. Dapat dijabarkan bahwa setiap sekolah yang ideal harus menerapkan standar mutu yang ketat dalam sistem pendidikannya.seperti fasilitas yang memadai, pendidik yang memiliki kualitas tinggi serta program kependidikan yang mengatasnamakan kualitas sekolah. Hal ini tidak menutup kemungkinan bahwa suatu sekolah idealis hanya didapatkan oleh kaum elit saja dikarenakan minimnya bantuan pemerintah dalam perbaikan kualitas sekolah. Bantuanpun hanya dikhususkan kepada sekolah yang notabene milik negara, dan tidak dapat dipungkiri bahwa nasib sekolah swasta memiliki problematika keuangan dalam penerapan kualitas sekolah. jika ditinjau lebih lebih lanjut,hampir semua pasal RUU sisdiknas tidak ada yang menyangkutpautkan nasib sekolah swasta di negeri ini dalam arti nihilnya tanggung jawab pemerintah atas segala perkembangan dari sekolah-sekolah swasta. Apakah semua kewajiban sekolah swasta menjadi tanggung jawab penuh masyarakat sedangkan pendidikan merupakan hak kokoh masyarakat?dimana tindak lanjut pemerintah?
RUU sisdiknas yang memuat masalah pendidikan keagamaan patut kita akui kemashlahatanya.hal ini memiliki pengaruh positif terhadap perkembangan siswa dalam pemahaman agama mereka sendiri dengan adanya guru pendidik agama yang seagama.dari sini harapan penanaman nilai pluralisme dan toleransi antar agama sejak dini dapat mengurangi dasar-dasar konflik yang mengatasnamakan agama. Siswapun dapat lebihmemahami segala kultur budaya agama lain lebih menghargai sesama umat beragama serta dapat dijadikan sebagai landasannya kelak dewasa nanti. Namun, perlu kita koreksi lagi tentang hal liberalisme dan kapitalisme pendidikan pada suatu lembaga pendidikan dimana dampak negaif akan timbul terutama pada kalangan kurang mampu. Jikalau pendidikan itu adalah hak warga negara seperti pada yang dicantumkan pada UUDmaka sudah seharusnya pemerintah lebih konsekwensi dalam hal biaya pendidikan murah untuk rakyatnya.bukan malah membuat rakyat tersiksa dengan mahalnya biaya pendidikan.dari pembahasaan diatas timbul pertanyaan, siapkah kita dengan tuntutan RUU yang beberapa isinya tidak realistis?