Pesan persahabatan dan pesan lain yang disampaikan
Animasi ini menunjukkan bahwa persahabatan antara manusia dan alam adalah hal yang sangat menyentuh. Seperti yang kita tahu dalam kisah The Litthe Mermaid. Sebagai ganti mengubah ekor ikannya menjadi sepasang kaki, sang putri duyung dikutuk akan menjadi buih jika cintanya tak berbalas. Ponyopun demikian, untuk mendapatkan restu sang ayah Fujimoto dan bundanya si Dewi Laut, ia akan dikutuk menjadi buih jika Sousuke tidak bisa menerimanya apa adanya.
Namun Sousuke berhasil membuktikan ketulusannya. Ia tidak pernah melihat seperti apa rupa Ponyo sejak  pertama kali mereka bertemu. Entah itu berwujud ikan,  manusia ikan, atau manusia sempurna. Sousuke ini adalah karakter dengan kepribadian yang tulus, dan baik.
Selain itu film ini juga menggambarkan ancaman terhadap alam oleh aktivitas manusia, seperti kapal yang mengeruk berbagai ton sampah, yang merupakan cerminan keadaan dunia nyata. Kehidupan bahagia Sosuke di atas tebing dan kedamaian teman-temannya di rumah orang tua terancam oleh polusi. Pesan ekologis yang disampaikan dalam film ini sangat penting.
