Â
Kota yang mendapat julukan Kota Udang ini dulunya bukan bernama Sidoarjo, tetapi bernama Sidoakare. Bahkan sampai tahun 1851 Sidoarjo masih dinamakan Sidokare dan menjadi bagian dari daerah kabupaten Surabaya. Kemudian dengan adanya keputusan pemerintah Hindia Belanda pada tahun 1859 daerah kabupaten Surabaya dipersempit dan dibagai menjadi dua yaitu kabupaten Surabaya dan kabupaten Sidokare. Roda pemerintahan kabupaten Sidokare dimulai pada tahun 1859, dan pada saat itu juga diangkat seorang bupati yang bernama RTP Tjokronegoro I untuk memimpin kabupaten Sidokare. Â
Tidak lama kemudian pemerintah Hindia Belanda mengeluarkan keputusan baru untuk mengganti nama kabupaten Sidoakare menjadi kabupaten Sidoarjo. Tjokronegoro I memerintah kabupaten Sidoarjo dengan baik dan terstruktur. Beliau juga banyak mendirikan bangunan yang bernuansa islami pada masa pemerintahanya, seperti mendirikan Masjid di Pekauman, Masjid Jamik, Pesarean Pendem (Asri), dan masih banyak lagi.Â
Pada tahun 1863 Tjokronegoro I wafat karena menderita sakit, dan kemudian kakak beliau yang merupakan pindahan dari Lamongan yaitu RTAA Tjokronegoro II (Kanjeng Jimat Djokomono), diangkat menjadi bupati kabupaten Sidoarjo untuk menggantikan beliau. Setelah diangkat menjadi bupati Sidoarjo, Tjokronegoro II melakukan perbaikan-perbaikan terhadap bangunan yang dibangun oleh Tjokronegoro I, seperti melakukan perbaikan terhadap Pesarean Pendem. Kemudian beliau juga membangun sebuah kampung yang bernama Kampung Magersari, dimana kampung tersebut untuk tempat tinggal para keluarga bupati dan para abdi dalem dari Lamongan serta orang-orang Madura.Â
Pada tahun 1883 Tjokronegoro II pensiun, namun tidak lama kemudian beliau meninggal dunia dan dimakamkan di Pesarean Botoputih Surabaya. Setelah itu yang diangkat sebagai gantinya yaitu RP Sumodiredjo, yang berasal dari Tulungagung. Tetapi masa pemerintahan RP Sumodiredjo hanya berjalan tiga bulan dikarenakan beliau wafat. Beliau kemudian dimakamkan di Pesarean Pendem.Â
Selanjutnya yang diangkat menjadi bupati Sidoarjo ialah RAAT Yjondronegoro I, yang berasal dari Jombang. Beliau diangkat menjadi bupati Sidoarjo pada tahun 1883. Â Pada masa pemerintahanya di tahun 1895, beliau melakukan penyempurnaan kembali Masjid Jamik yang telah dibangun oleh bupati terdahulu. Beliau merenovasi masjid tersebut agar lebih besar dan diperindah dengan diberi marmer. Kemudian di pekarangan belakang Masjid Jamik tersebut, beliau membangun beberapa bangunan untuk pesarean keluarga bupati, para penghulu , dan segenap ahlul masjid. Â Â
Pada masa Yjondronegoro I, susunan pemerintahan (hierarchie) di kabupaten Sidoarjo terdiri dari enam Kawedanan (Distrik) yaitu :
1. Â Â Â Â Â Â Jenggolo I = Â Kawedanan (Distrik) Gedangan
2. Â Â Â Â Â Â Jenggolo II = Â Kawedanan (Distrik) Sidoarjo
3. Â Â Â Â Â Â Jenggolo III = Â Kawedanan (Distrik) KrianÂ
4. Â Â Â Â Â Â Jenggolo IV = Â Kawedanan (Distrik) TamanÂ