Kehadiran ibukota negara diwilayah peisisr kalimantan timur secara langsung akan berkelindan dengan berbagai macam ekosistem yang ada  hal ini mendapatkan penekanan dari KLHK bahwa pemindahan ibukota baru memiliki banyak hambatan ekologis ( ecological constrain). Oleh karena diharapkan pembangunan ibukota negara tidak menimbulkan kerawann-kerawanan ekologis.
Kerawanan ekologis menurut Suyud (2020)  terdapat  empat hal yang dapat menyebabkannya antara lain adanya pengambilan sumberdaya secara berlebihan, penggunaan teknologi yang kurang bijaksana, ganguan ekternalitas seperti pencemaran, dan pengunaan lahan yang tidak sesuai.Â
Untuk  mengidentifikasi terkait dengan kerawanan ekologis beberapa hal kawasan ekologis perlu mendapatkan perhatian khusus saat pembangunan kawasan ibukota baru. Beberapa hal yang perlu diperhatikan antara lain; kawasan mangrove, keanekaragaman hayati, pemukiman pesisir, aktivitas budidaya perikanan, transportasi pesisir.
Kawasan pesisir kalimantang timur yang ditetapakan sebagai kawasan ibukota baru, jika di bagai adalam beberapa ekosistem terdapat sekitar 5 ekosistem yang mendiami wilayah pesisir tersebut yakni, ekosistem sungai, ekosistem hutan tropis, ekosistem lahan basah, ekosistem teluk dan ekosistem pesisir atau laut.Â
Pokja bersama lingkungan hidup (2019) menyebutkan bahwa kehadiran ibukota negara di wilayah pesisir kalimantan timur akan mengakibatkan perampasan hidup masyarakat pesisir dan nelayan tradisonal diwilayah Panajam dan juga teluk Balikpapan, yang mana nelayan menggantungkan hidupnya di laut ( laporan Pokja Bersama, 2019).
Ekologi pesisir Kalimantan Timur yang harus diperhatikann anatara lain sumber air bersih, kawasan hutan lindung dan Teluk balikpapan. Kawasn teluk Balikpapan menjadi catatan utama  terkait dengan kawasan ekologi pesisir kawasan mangrove dan keberdaan ikan pesut di teluk Balikpapan. Â
Keberadaan Ibukota negara dikhawatirkan akan mengacam keberdaan kawasang mangrove di pesisir kalimantan Timur. Menurut laporan Walhi dan Tim Pokja bersama (2019) Â kawasan mangrove membentang sepanjang 17 km dari kecamatan Balikpapan hingga pesisir teluk teluk diwilayah kecamatan Panajam. Ekosistem mangrove memberikan banyak manfaat layanan bagi fungsi alam dan perekonomian yang dimanfaatkan untuk sektor perikanan, sumber makanan dan pusat pertumbuhan berbagai jenis ikan, udang dan kepiting.
Kawasan ekologi pesisir yang perlu mendpatkan perhatian lainnya alah pemukiman pesisir, kehadiran ibukota baru akan diikuti munclnya pemukiman-pemikukan kawasan penyangga yang slah satua adalah pesisir Panajam adan atau Balikpapan. Â Astjarioan dan Kusnida (2011) mengingatkan bahwa perlunya penataan kawasan pemukiman diwilayah pesisir hal ini dilakukan untuk menekan peningkatan prasarana pesisir yang tidak sesuai tata ruangnya dan menekan peningkatan pembuangan limbah.Â
Hal lain yang perlu diperhatikan adalah ekonomi budidaya pesisir sebagai penopang mata pencaharian alternative dari masyarakat pesisir agar tetap diperhatikan. Aktivitas ekonomi pesisir ini menjadi penting karena kehidupan melaut tidak dapat optimal jika kondisi laut tidak sesuai dengan teknologi perikanan yang dimiliki.
Dampak ekologi pesisir juga harus dapat dilihat pada aspek sosial, terutama pada kehadiran pendatang atau migrasi penduduk yang akan datang kawasan ibukota baru. Beberapa aspek ekosistem pesisir telah disebutkan terkait dengan lokasi dan kawasan yang rentang mengalami kerawanan ekologi, namun aspek lain yang perlu diperhatikan supaya kerawanan ekologis itu tidak menimbulkan dampak yang yang berlebihan.Â
Hal yang perlu dicermati adalah hubungan antar etnis atau suku bangsa, karena ini rentan ketika bersingguhan dengan dimensi ekonomi terutama dalam pemanfaatan ekosistem pesisir. Sehingga pengelolaan sosial dan pemberdayaan masyarakat untuk meningkatkan kapasitas dan keahlian perlu dilakukan secara beriringan
