Mengacu pada tulisan sebelumnya dalam merintis peta restorasi ekosistem bahwa untuk mencapai hal tersebut diatas akan ditempuh sejumlah langkah-langkah yang terbagi dalam 3 tahapan yaitu:
Tahap Pertama :Â Pemulihan
Dalam tahapan ini akan dilakukan pemulihan ekosistem, morfologi
dan hidrologi SKM. Pemulihan akan dilakukan dengan cara melakukan penanaman atau revegetasi di sepanjang bantaran SKM dan area lindung serta penyangganya.
Revegetasi bertujuan untuk menumbuhkan kembali riparian atau ekosistem penghubung antara air dan daratan yang terdiri atas zona aquatic, zona amphibi dan zona kering.
Adapun jenis-jenis pohon yang akan ditanam adalah jenis pohon yang asli hidup di sepanjang SKM. Ini dimaksudkan agar pepohonan itu tidak sekedar menghijaukan melainkan juga menjadi sumber nutrisi sekaligus habitat bagi berbagai jenis mahkluk hidup yang ada di SKM.
Tahap Kedua : Pemberdayaan
Dalam tahapan ini akan dilakukan restorasi ekonomi, sosial dan budaya. Masyarakat akan dididik dan disadarkan bahwa SKM adalah asset yang potensinya harus didayagunakan secara berkelanjutan.
Dengan kesadaran ini maka masyarakat akan tergerak untuk turut menjaga dan merawat sungai, untuk menjaga kemanfaatan dan fungsi sungai guna menopang kehidupan mereka.
Masyarakat akan didorong untuk melakukan penataan kawasan hunian mereka dengan mengembangkan kampung atau permukiman tematik di sepanjang SKM.
Terhadap masyarakat yang berprofesi sebagai petani atau pekebun akan diperkenalkan model pertanian organic dan agroforestry
sebagai bagian dari restorasi ekosistem dan hidrologi.
Tahap Ketiga : Pelembagaan Sungai
