Adapun Tahsin yang digunakan SMP IT adalah Metode Qiroati karena mereka bekerja sama dengan pihak penyelenggara Qiroati, namun untuk tenaga pengajarnya berasal dari pihak mereka sendiri, akan tetapi untuk ujian dan tes nya akan di handle langsung oleh pihak Qiroati. Hal tersebut adalah suatu usaha dari pihak sekolah agar keilmuan Tahsin dan Tahfidz siswa mereka mempunyai sanad keilmuan yang jelas dan terintegritas.
Dalam penerapan kelas nya menggunakan model kelas yang disesuaikan oleh kemampuan masing-masing peserta didik yang mengacu pada hasil tes saat waktu tes pendaftaran murid baru. Tidak terpatok pada tingkatan kelas secara formal.
Adapun untuk Tahfidz sistem pembelajarannya berbasis kelas menggunakan metode team teaching, dalam satu kelas terdapat 3 guru yang nantinya siswa dikelompok sesuai kemampuannya masing-masing, tidak memaksa yang masih belum mampu mencapai target.
- Program Bina Pribadi Islami (BPI) di SMP IT Harapan Umat Brebes adalah inisiatif yang dirancang untuk mengembangkan karakter dan pribadi siswa sesuai dengan nilai-nilai Islam. Program ini meliputi berbagai aspek, dari pembiasaan amal saleh hingga penanaman nilai-nilai seperti kejujuran dan tanggung jawab. Berikut adalah beberapa poin utama dari program BPI:
- Pembiasaan Amal Saleh: Program BPI mendorong siswa untuk melakukan amal saleh secara rutin, seperti sholat berjamaah, membaca Al-Qur'an, sholat Dhuha berjamaah dan berpartisipasi dalam kegiatan sosial yang positif.
- Pembentukan Karakter: Melalui program BPI, nilai-nilai karakter seperti religiusitas, kejujuran, dan tanggung jawab ditanamkan kepada siswa. Ini dilakukan melalui penyampaian materi tentang nilai-nilai karakter dan pembiasaan yang dilakukan di sekolah.
- Pelaksanaan Program: Program BPI dilaksanakan setiap hari Jumat selama satu hingga dua jam pelajaran, dengan siswa dibagi per kelas untuk memastikan efektivitas pembelajaran dan pembiasaan.
- Program BPI ini mencerminkan komitmen SMP IT Harapan Umat Brebes dalam membentuk generasi muda yang tidak hanya unggul dalam bidang akademik tetapi juga kaya akan nilai-nilai spiritual dan moral. Dengan demikian, program ini menjadi salah satu pilar penting dalam sistem pendidikan di SMP IT Harapan Umat Brebes, yang membedakannya dari sekolah lain. "kami juga seperti sekolah pada umum nya menggunakan mapel yang diterapkan oleh Kemendikbud. Cuman kami ada beberapa penambahan mapel dan program pembelajaran seperti Tahfidz, Tajwid, Ghorib, BTQ dan juga program BPI". Penjelasan Ustadzah Muspita.
3. Kegiatan Ekstrakurikuler
Dalam kegiatan ekstrakurikuler yang Biasanya ada Disekolah umum lainnya itu sudah ditentukan dan sudah ada, tetapi yang membedakan di SMP IT Harapan Umat Brebes dengan sekolah umum lainnya itu pilihan kegiatan ekstrakurikuler dimulai pada pembelajaran awal dalam pemilihannya ada Angket peminatan atau siswa Bisa memilih dan mengikuti kegiatan ekstrakurikuler sesuai Bakat dan minat pada siswa masing-masing. Ekstrakurikuler Bisa diadakan ketika suatu kegiatan ekstrakurikuler terdapat minimal 5 anggota (siswa) tetapi jika peminatnya lebih banyak malah lebih baik.
Terdapat beberapa pilihan pada kegiatan ekstrakurikuler yang ada di SMP IT Harapan Umat Brebes, yaitu ada ekstrakurikuler wajib dan ekstrakurikuler pilihan. Â Ekstrakurikuler wajib yaitu Pramuka walaupun di kementerian pendidikan Nasional Pramuka sudah tidak menjadi kegiatan wajib tetapi di SMP IT Harapan Umat Brebes masih menjadi kegiatan ekstrakurikuler wajib, dan ekstrakurikuler pilihan yaitu 1) Desain grafis, 2) Tari, 3) Pencak Silat, 4) Musik Modern dan Tradisional (gamelan) 5) Olahraga (Bulu tangkis).
Guru pengajar ekstrakurikuler Biasanya kalo dari pencak Silat itu diambil dari luar sekolah kerjasama dengan perguruan Garis paksi (pewarisan pencak silat). Sama halnya dengan  pencak silat pada ekstrakurikuler musik juga diambil guru /pengajar dari luar sekolah karena mungkin guru yang mungkin sudah terbilang ahli dan mampu di bidangnya. Berbeda dengan pencak silat dan musik, ekstrakurikuler Desain grafis dan tari diambil dari internal atau guru dalam sekolah SMP IT Harapan Umat Brebes, karena dari beberapa guru ada yang kebetulan dianggap mampu dalam kedua ekstrakurikuler tersebut.
4. Kegiatan Rutin
Pembukaan ngaji bareng semua siswa yang dimulai oleh siswa SMP IT Harapan Umat Brebes dan membaca Al-Qur'an dengan disimak oleh guru dan siswa lainnya dengan membaca satu ayat atau dua ayat. Waktu pelaksanaan tadarus 2 JP atau 2 jam pelajaran dan dilanjutkan Kultum seputar pengetahuan Islam dengan tujuan menambah khazanah pengetahuan Islam. Pada kegiatan Kultum ada materi yang disiapkan oleh pembina. Setelah ada materi ada evaluasi pada tiap-tiap siswa tentang bagaimana kegiatan di sekolah, dirumah kegiatannya apa saja yang mana ditanyakan oleh guru (pembina) dengan metode pendekatan pada tiap-tiap siswa.
Pada tahap ini siswa dikelompokkan masing-masing dengan sekala yang lebih kecil dari pembelajaran dikelas. Setiap pembina mempunyai buku catatan masing-masing. penilaian setiap siswanya dengan kriteria penilaian masing-masing (daftar ceklist), contoh seperti sholatnya sudah lima waktu belum, sudah membantu orang tua dirumah belum. Kadang kala siswa SMP pun masih sering meninggalkan sholat 5 waktu. Intinya pembina dapat memahami kondisi setiap siswa baik pada nilai psikologi, ibadah ataupun yang lainnya dan disini dapat diketahui termoteringnya. pendekatan ini dapat dinamai pendekatan bina pribadi islami.
5. Penilaian kinerjan guru