Konflik etnis sering terjadi di berbagai pelosok dunia, dimana pasti ada gesekan kepentingan antar etnis tersebut dalam suatu wilayah atau negara. Dalam konteks Asia Tengah, salah satu konflik etnis yang bisa dibilang cukup intens yakni ketika pemerintah Tajikistan melawan kelompok oposisi etnis Uzbekistan dan Karakalpak yang mempengaruhi integrasi nasional di wilayah tersebut. Wilayah Asia Tengah merupakan wilayah dengan penduduk yang memiliki keragaman etnis.Â
Dalam beberapa tahun terakhir terjadi perselisihan wilayah, perbedaan etnis, faktor agama dan politik yang menyebabkan ketegangan bilateral berkelanjutan antara kelompok etnis Tajikistan, Uzbekistan dan Karakalpak. Sebelumnya, Tajikistan dan Uzbekistan merupakan wilayah kekuasaan Uni Soviet. Kawasan tersebut bernama Republik Sosialis Soviet Otonomi Tajikistan dan Republik Sosialis Soviet Otonomi Uzbekistan. Pasca runtuhnya Uni Soviet pada tahun 1991, kedua negara ini memperoleh kemerdekaannya sendiri. Ketegangan etnis antara Tajikistan dan Uzbekistan meningkat, terutama di daerah perbatasan. Konflik bersenjata dan bentrokan antara kelompok etnis Tajikistan dan Uzbek pecah di beberapa wilayah, termasuk kota-kota Uzbekistan seperti Samarkand dan Fergana. Puncak konflik ini terjadi pada perang saudara Tajikistan yang berlangsung dari tahun 1992 hingga 1997.
Berbagai faksi etnis, politik dan agama Tajikistan terlibat dalam perang saudara Tajikistan. Meskipun konflik tersebut tidak secara khusus melibatkan Uzbek dan Karakalpak, hal itu mencerminkan ketegangan yang meluas di wilayah tersebut. Perang dimulai setelah runtuhnya Uni Soviet dan meningkatnya ketegangan antara pemerintah Tajikistan yang didominasi Tajikistan dan pemberontak dari berbagai kelompok etnis, termasuk Uzbek. Para pembangkang terdiri dari orang Tajik, Uzbek, dan etnis minoritas lainnya yang menentang pemerintah. Perjanjian damai akhirnya ditandatangani pada tahun 1997, mengakhiri fase aktif konflik.
Setelah berakhirnya perang saudara di Tajikistan, upaya rekonsiliasi dan perdamaian dilakukan antara suku Tajik dan suku minoritas Tajik, termasuk suku Uzbekistan dan Karakalpak. Perang saudara di Tajikistan sendiri memiliki banyak penyebab yang kompleks. Persaingan politik dan perebutan kekuasaan setelah pembubaran Uni Soviet pada tahun 1991 menyebabkan ketidakstabilan politik, yang kemudian menyebabkan konflik bersenjata. Selain itu, konflik etnis antara mayoritas Tajik dan etnis minoritas, terutama Uzbek dan Karakalpak, juga berperan penting dalam memperparah konflik.
Perselisihan agama antara Muslim Sunni dan Syiah juga berkontribusi pada meningkatnya perpecahan dan ketegangan antara kelompok yang terlibat dalam konflik tersebut. Faktor ekonomi seperti krisis ekonomi, tingginya pengangguran, kemiskinan, ketimpangan sumber daya, dan kesenjangan ekonomi perkotaan-pedesaan juga memperburuk ketegangan sosial dan politik di Tajikistan. Secara keseluruhan, konflik antaretnis antara Tajikistan dan Uzbekistan di wilayah perbatasan Asia Tengah dipicu oleh berbagai faktor, antara lain sengketa wilayah dan perbedaan etnis, agama, politik dan ekonomi. Pasca perang saudara di Tajikistan, ada upaya rekonsiliasi dan perdamaian, termasuk pembentukan pemerintahan koalisi yang mencakup berbagai kelompok etnis dan pemilihan oleh partai politik dari berbagai etnis.
Perang saudara yang terjadi di Tajikistan pada tahun 1991 hingga 1997 memiliki faktor penyebab  yang amat kompleks, perang saudara yang terjadi ini diakibatkan dari sejumlah faktor seperti hal nya faktor politik, etnis, ekonomi, dan agama yang dimana diantara beberapa faktor tersebut memiliki keterhubungan satu dengan lainnya. Konflik yang melibatkan berbagai faksi etnis, politik, dan agama di dalam negeri, konflik yang terjadi ini telah melibatkan sejumlah pihak yang memiliki kepentingan serta tujuan-tujuan yang berbeda.Â
Konflik yang terjadi antara etnis mayoritas Tajik dan pemerintah Tajikistan dengan etnis Uzbekistan, Karakalpak, dan faksi-faksi politik minoritas ini disebabkan oleh adanya ketimpangan dan ketidakadilan terhadap etnis-etnis minoritas pada saat itu, dimana adanya perselisihan antara etnis mayoritas dengan kelompok minoritas ditambah lagi adanya perselisihan paham aliran agama dimana hal ini juga mendorong perpecahan dan meningkatkan ketegangan antara kelompok-kelompok dan faksi-faksi yang terlibat konflik. Hal ini juga didorong oleh faktor ekonomi yang dimana adanya ketimpangan dan juga ketidakadilan dalam distribusi sumber daya, ketimpangan ekonomi perkotaan dan pedesaan, kemiskinan dan pengangguran tinggi.
maka dengan adanya perjanjian Khatolikoni mengakhiri fase aktif perang saudara tersebut dengan adanya pembentukan pemerintahan koalisi yang mencangkup seluruh elemen dan juga etnis yang ada, lau adanya integrasi politik yang inklusif untuk semua faksi dan etnis serta penyelesaian konflik melalui dialog politik serta menggunakan mekanisme demokratis.
