Masjid Agung Al-Mujahidin terdiri dari dua lantai. Dari luar, bangunan masjid didominasi oleh cat warna putih, dipadu dengan warna ungu dan orange. Ada warna hijau yang melapisi beberapa bagian atap, kubah utama, dan ujung menara masjid.
Setidaknya ada empat menara yang menyatu dengan bangunan utama masjid. Tinggi setiap menara itu sekitar 27 meter. Menara itu berdiri tegak bagai empat penjaga yang bertugas melindungi kubah masjid yang didudukkan di tengah bangunan. Setiap menara dirancang dengan bentuk serupa.
Paling tidak masing-masing menara terdiri dari lima susunan. Dua bagian yang pertama berbentuk segi empat merupakan bagian bawah menara. Dua bagian kedua berada di tengah berbentuk segi banyak atau poligon. Bagian tertinggi menara mengerucut menukik ke atas dan dihiasi dengan sebuah lambang bulan bintang.
Dinding bangunan Masjid Agung Al-Mujahidin dirancang dengan pola ceruk terbuka pada sejumlah bagian. Lantai dasar atau bawah didesain terbuka sampai ke sisi mimbar.
Sisi terluar bangunan masjid hanya dibatasi dengan tiang-tiang penyangga bangunan. Di antara tiang itu terdapat ornamen lengkungan untuk menambah ciri khas dan kesan kuat sebagai bangunan masjid sekaligus menambah penampilan artistik bangunan. Design ini membuat masjid terasa nyaman karena udara leluasa berhembus di dalam masjid.
Dari sudut pandang selatan atau kiri masjid, oleh Ir. H. M. Aminullah sebagai arsitek utamanya, menempatkan sebuah tangga menuju lantai dua. Konstruksi tangga itu cukup lebar dan dirancang berhubungan langsung dengan gerbang utama yang menghadap ke arah jalan TGH Abdul Majid (dulu disebut jalan Pahlawan). Di ujung barat dinding masjid tertera sebuah tulisan "Masjid Agung Al-Mujahidin Selong" dalam huruf latin dan huruf Arab.
Tangga utama lainya terdapat di sebelah timur berhadapan dengan area parkir. Konstruksi tangga selatan dan sebelah timur tidak sekadar sebagai jalur penghubung ke lantai atas tetapi juga memberikan sentuhan keindahan dan kemewahan pada masjid tersebut. Di kedua tangga itu para pengunjung kerap mengabadikan kehadirannya dengan mengambil foto atau selfie.
Memasuki ruang utama masjid dari di bagian timur terasa agak sumpek. Ini bisa jadi karena posisi lantai dua yang relatif rendah. Namun saat memasuki bagian tengah masjid, ruangan terasa lebih lega. Hal ini mungkin dipengaruhi oleh keberadaan plafon terbuka pada lantai dua. Dari bagian tengah masjid ini dapat dilihat dengan jelas penampilan interior lengkung kubah utama dengan penampilan paduan warna putih, biru, dan kuning.
Halaman yang luas membuat Masjid Agung Al-Mujahidin Selong cukup fleksibel membuat dan menata taman untuk mendukung keindahan masjid. Di sisi timur pada area parkir terdapat sejumlah taman dan sejumlah pohon pelindung. Demikian pula di sisi barat dan utara. Taman-taman itu dibatasi dengan trotoar sebagai jalan keluar masuk masjid sehingga pengunjung tidak menginjak tanaman yang ada di dalam taman.
Di sisi utara terdapat bangunan lain yang menyatu dengan bangunan utama. Bangunan itu juga terdiri dari dua lantai. Lantai bawah merupakan fasilitas sanitasi berupa tempat wudhu dan toilet yang terpisah antara laki-laki dan perempuan.
Di antara toilet dan bangunan utama terdapat semacam ruang penghubung. Namun ruang ini juga berfungsi sebagai tempat shalat pada hari jumat atau hari raya jika di dalam masjid sudah penuh. Sedangkan di lantai atas toilet dan sanitasi terdapat ruang yang cukup lega. Ruangan itu berfungsi sebagai sekretariat takmir masjid. Di halaman, masjid juga menyediakan sejumlah kran bagi pengunjung yang ingin mengambil air wudhu atau sekadar mencuci muka.
