Objek wisata Kelimutu sangat mudah dijangkau. Ada lima alternatif rute perjalanan ke Kelimutu yang dapat dilakukan baik dengan menggunakan transportasi darat, laut dan udara.
Bagi pengunjung yang ingin melakukan perjalanan ke Taman Nasional Kelimutu dapat menikmati keindahan alam, seni budaya dan kehidupan sosial desa-desa tradisional sekitarnya seperti Woloara, Jopu, Ranggase, Koanara, Tenda, Â Nuamulu dan Nggela.
Selanjutnya, pengunjung dapat meneruskan perjalanan wisata ke tempat lain di kabupaten Ende untuk menikmati pantai-pantai wisata yang indah di pesisir utara dan selatan serta aneka atraksi wisata budayanya.
Mari kita menempuh lima jalur alternatif  ke Taman Nasional Kelimutu yaitu:
Rute Satu (Rute Pertama):
Tiba di bandara udara Haji Hasan Aroeboesman atau Pelabuhan Ippi dan Ende. Kita dapat bermalam di hotel-hotel yang ada seperti Hotel Dwi Putra, hotel Safari, hotel Mentari, Grand Wisata dan lainnya di seputaran kota Ende.
Sebelum menuju Kelimutu, wisatawan dapat memperoleh informasi tentang objek wisata kota Ende dan sekitarnya di pusat informasi tentang objek-objek wisata kabupaten Ende, Jalan Soekarno no. 4 Ende, seperti informasi tentang Museum Bung Karno (rumah peninggalan Bung Karno selama masa pembuangan di Ende tahun 1934-1938), Pohon Sukun (tempat dimana Bung Karno merenungkan Pancasila), Â makam ibu Amsi (mertua Bung Karno), Taman Kota Raja, Taman Rendo, Â Museum Tenun Ikat, Â Museum Bahari, Â pantai MBu'u Nanganesa, Benteng Baranuri, sanggar seni serta mengunjungi tempat pembuatan tenun ikat di Woloare. Selain itu kita dapat membeli souvenir dan buah-buahan lokal seperti pisang baranga, mangga, nanas, Â alpukat, lemon dan buah-buahan lainnya di pasar Mbongawani serta aneka souvenir cantik di Cendana Art Shop.
Kemudian kita dapat menikmati suguhan makanan dan minuman di restoran-restoran di kota Ende seperti Rumah Makan Pondok Bambu, warung Bangkalan, Rumah Kopi Flores dan restoran lainnya.
Setelah mengunjungi objek wisata di Ende, kita  dapat melanjutkan perjalanan menuju Kelimutu yang berjarak 53 km dari kota Ende dengan menggunakan transportasi umum, baik mobil dan sepeda motor.Â
Dalam perjalanan ke Kelimutu ada banyak objek dan atraksi wisata alam yang dapat dilihat seperti Kolam Renang Tirta di km 5 sebelah timur kota Ende,  Gua Jepang di Roworeke tepatnya di km  7, sungai/kali Wolowona, air terjun, jurang lembah dan hutan kemiri sepanjang pegunungan.Â
Kita juga dapat menikmati pemandangan alam seperti pegunungan batu Cadas dan jurang di km 14 , serta Watugamba (batu bertulis) di Km 17. Kita  juga dapat  berhenti sejenak untuk melihat belut raksasa di desa tradisional Wolotolo
