Nasution dan Simatupang kemudian diperiksa Jaksa Agung Suprapto .Pada Desember 1952 ,mereka berdua kehilangan posisi di ABRI dan diberhentikan dari ikatan dinas.
Tetapi disini lah uniknya posisi Nasution .Setelah ia diberhentikan sebagai KSAD kemudian di tubuh Angkatan Darat terjadi pergolakan internal.
Karena pergolakan internal yang demikian maka pada 7 November 1955 ,Nasution diangkat kembali sebagai Kepala Staf Angkatan Darat.
Berikutnya terlihat hubungan Nasution dengan Sukarno semakin dekat .Diantara keduanya terlihat ada kesamaan pandangan terutama yang berhubungan dengan hubungan sipil - militer.
Pada tahun 1957 ,Presiden Sukarno memperkenalkan konsep Demokrasi Terpimpin. Konsep ini diperkenalkan Bung Karno karena kekecewaannya terhadap pelaksanaan Demokrasi Parlementer yang tengah dipraktikkan sejak November 1945.
Kita mengetahui UUDS 1950 yang berlaku saat itu menganut sistim parlementer.Â
Setelah Perdana Menteri Ali Sastroamidjojo mengundurkan diri maka pada 14 Maret 1957 ,Presiden Sukarno mengumumkan keadaan darurat.
Pengumuman keadaan darurat ini ,sekaligus mengakhiri peran Sukarno hanya sebatas Kepala Negara dengan sejumlah peran seremonial tetapi juga meningkatkan pengaruh dan peran militer .
Atas perintah Sukarno ,tentara juga mulai berpartisipasi dibidang politik ,mengisi posisi mulai dari menteri kabinet hingga gubernur provinsi bahkan anggota DPR.
Pada Desember 1957 ,Nasution semakin meningkatkan peran tentara dengan memerintahkan para tentara untuk mengambil alih perusahaan perusahaan Belanda yang baru dinasionalisasi.
Di Sumatera Utara misalnya ,sejak keluar perintah Nasution ini beberapa direksi perkebunan dijabat oleh tentara.
