Pada pH rendah, residu His, Arg, dan Lys dapat terprotonasi, dan hal ini dapat mempengaruhi stabilitas fisik protein. Pada pH tinggi, residu Asp dan Glu dapat terdeprotonasi, hal ini juga dapat mempengaruhi stabilitas fisik protein.
Sedangkan elektrostatis adalah tolakan muatan positif yang mendorong proses pembukaan. Efek ini tergantung pada urutan primer.
Pelarut organik, juga dapat merusak protein, contoh: hand sanitizer menggunakan pelarut yang lebih rendah dari air. Menyebabkan struktur protein terbuka sehingga virus dan bakteri mati.
Protein apabila dikocok menyebabkan strukturnya hilang, dapat juga terdenaturasi sendiri. Protein diletakkan di air, dan dibiarkan dapat terdenaturasi, tepatnya protein yang terletak pada permukaan yang langsung bersentuhan dengan udara. Protein dalam tabung reaksi plastik, dapat terdenaturasi saat protein bersenttuhan langsung dengan plastik
Beberapa metode yang dapat digunakan untuk mengetahui stabilitas protein
- Evaluasi melting temperature
Protein yang strukturnya tidak rusak akan berjalan cepat dalam gel. Saat konsentrasi urea naik, protein berjalan tersendat-sendat. Hal ini berarti ketika konsentrasi urea dinaikkan, protein kesulitan berjalan lancar dalam gel. Puncak protein terpisah-pisah, tidak bertindih saat protein rusak
- Mengukur angka kestabilan protein, kapasitas panas
Semakin tinggi cp, protein semakin stabil pada suhu tinggi, cp juga dapat digunakan untuk mengetahui kapan protein tersebut mencapai titik leleh. Pada ph 2, protein secara termal tidak stabil karena cp rendah, dan suhu juga rendah. Saat ph 2.5 protein lebih stabil, ph 4,5 ketabilan protein juga lebih tinggi.
Adanya dmso untuk meningkatkan kelarutan misal interaksi obat dengan reseptor. Ada pengaruh dari pelarut organik terhadap kestabilan protein. Dsc juga digunakan untuk menganalisis stabilitas suhu vaksin mrna. Jauh lebih sulit merusak mrna yang telah dimasukkan ke dalam nanopartikel.
- Mengevaluasi efek permukaan jarum suntik terhadap kestabilan protein
Meletakkan protein langsung ke dalam jarum suntik. Dalam jarum suntik terdapat endapan, karena adanya silikon yang menyebabkan berubahnya kestabilan protein
Interaksi obat dan reseptor
Penggunaan prinsip termodinamika dalam mempelajari dan menganalisis interaksi obat dan reseptor. Menghitung energi ikatan antar obat dan reseptor, yaitu menggunakan molecular docking. Disebut murah dari segi biaya karena menggunakan komputer.Â
