 Pelindo III telah terang-terangan melakukan pelanggaran yang terungkap ke permukaan sejak Pelindo III tidak memperbolehkan Calon Pegawai Pelindo III (Calpeg Pelindo III) untuk masuk bekerja sejak per 1 April 2016, dengan cara menonaktifkan absensi. Penyebabnya karena 86 Calpeg ini tidak bersedia untuk dilimpahkan ke anak perusahaan Pelindo III, yaitu PT. Pelindo Daya Sejahtera (PT. PDS).
Dengan adanya pergantian Direktur Utama pada bulan Mei 2016 lalu, diharapkan ditangan Dirut baru ini (Orias P Moedak) permasalahan pelanggaran ini bisa diselesaikan dengan lebih bijaksana. Bijaksana dengan menjalankan isi dari Laporan Hasil Pemeriksaan (LHP) yang diterbitkan oleh Disnaker Kota Surabaya.
Tapi faktanya, selama ini Pelindo III banyak melakukan pelanggaran dalam hal Ketenagakerjaan. Orias sebagai Dirut Pelindo III pun tak mampu bijaksana dalam menyelesaikan permasalahan yang sebenarnya sudah ada solusinya.
Pelindo III mempunyai enam (6) anak perusahaan, sebelas (11) cucu perusahaan, dan empat (4) perusahaan affiliasi. Berikut daftar nama anak perusahaan dan cucu perusahaan yang dimiliki oleh Pelindo III, yaitu :
Anak perusahaan dan cucu perusahaan Pelindo III
- PT. Terminal Petikemas Surabaya ( PT. TPS )
- PT. Pelindo Husada Citra ( PT. PHC ) Mempunyai anak perusahaan : Pelindo Citra Nutrindo
- PT. Pelindo Marine Service ( PT. PMS ) Mempunyai anaka perusahaan :PT. Alur Pelayaran Barat Surabaya ( PT. APBS ), PT. Pelindo Energi Logistik ( PT. PEL )
- PT. Berlian Jasa Terminal Indonesia ( PT. BJTI ) Mempunyai anak perusahaan : PT. Berkah Kawasan Manyar Sejahtera ( PT. BKMS ), PT. Berlian Manyar Sejahtera ( PT. BMS ), PT. Pelindo Properti Indonesia ( PT. PPI ), PT. Berkah Industri Mesin Angkut ( PT. BIMA ), PT. Terminal Nilam Utara ( PT. TNU ), PT. Terminal Curah Semarang ( PT. TCS )
- PT. Pelindo Daya Sejahtera ( PT PDS ) Mempunyai anak perusahaan PT. Tanjung Emas Daya Sejahera ( PT TEDS )
- PT. Terminal Teluk Lamong ( PT. TTL ) Mempunyai anak perusahaan PT. Lamong Energi Indonesia ( PT. LEI )
 Perusahaan Affiliasi Pelindo III, antara lain :
- PT. Portek Indonesia
- PT. Ambang Barito Persada
- PT. Terminal Petikemas Indonesia
- PT. Jasa Marga Bali Tol
 Pada tanggal 21 dan 24 Maret 2016, Petugas Disnaker Kota Surabaya melakukan Pembinaan dan Pemeriksaan Ketenagakerjaan di Pelindo III. Lalu tanggal 5 April 2016, Petugas Disnaker Kota Surabaya melakukan Pemeriksaan Lanjutan dan menghubungi PT. PDS, namun diarahkan ke Pelindo III terkait Perjanjian Kerjasama antara Pelindo III dan PT. PDS. Akan tetapi Pelindo III belum bisa menunjukan perjanjian tersebut dengan alasan tidak ada surat permohonan data.
PT. PDS merupakan salah satu anak perusahaan Pelindo III yang bergerak di bidang Perusahaan Penyedia Jasa Pekerja (PPJP) untuk kebutuhan tenaga kerja di lingkungan Pelindo III dan anak perusahaan lainnya.
Disnaker Kota Surabaya belum pernah menerima pendaftaran perjanjian tertulis tentang Penyerahan Sebagian Pelaksanaan Pekerjaan antara Pelindo III dan PT. PDS. Setelah dilakukan konfirmasi dan koordinasi dengan Disnakertransduk Provinsi Jawa Timur, ternyata PT. PDS juga belum pernah mendaftarkan perjanjian tertulis tentang Perjanjian Kerjasama.
Tanggal 12 April 2016, Petugas Disnaker Kota Surabaya melakukan Pemeriksaan dan Pembinaan di RS PHC. Diperoleh data bahwa PHC melakukan Perjanjian Kerjasama dengan PT. PDS untuk pekerjaan Jasa Kebersihan (cleaning service).
Tanggal 13 April 2016, dilakukan Pemeriksaan dan Pembinaan di PT. TPS, PT. BJTI, dan PT. PMS. Ditemukan data bahwa PT. TPS tidak mempunyai Perjanjian Kerjasama dengan PT. PDS. Begitu juga dengan PT. BJTI yang tidak mempunyai Perjanjian Kerjasama dengan PT. PDS.