Mikrosatelit dalam aplikasinya juga dapat digunakan sebagai uji paternitas atau untuk menguji hubungan antara anak dan orang tua kandung. Keunikan variasi urutan pasangan basa yang diturunkan orang tua pada anak memberikan kecocokan pada pengujian DNA di lokus (lokasi terletaknya gen/penanda genetik) tertentu karena tingkat polimorfismenya yang tinggi di antara setiap individu manusia, sehingga dapat mendeteksi kecocokan genetik pada sampel DNA orang tua dan anak dengan akurat. Hal ini menunjukkan bahwa mikrosatelit efektif dijadikan sebagai alat penyelesaian kasus bayi tertukar di rumah sakit.Â
Lalu, bagaimana cara kerja dari penanda mikrosatelit dalam aplikasi identifikasi orang tua dan anak? Berikut ini adalah langkah identifikasi orang tua dan anak menggunakan penanda mikrosatelit.
Analisis DNA dengan penanda mikrosatelit untuk identifikasi orang tua atau paternitas dan maternitas menurut penelitian dari Pei (2018), dimulai dari pengambilan sampel DNA dari anak, calon ayah ataupun calon ibu. Contoh sampel yang diambil adalah sampel darah, saliva dan rambut, maupun jaringan lain yang mengandung DNA.
Kemudian sampel diekstraksi atau dipisahkan DNA nya dengan cara isolasi DNA sehingga didapatkan DNA yang nantinya bisa diperbanyak jumlahnya dan diperbaiki kualitasnya melalui proses yang dinamakan amplifikasi Polymerase Chain Reaction (PCR). PCR adalah teknik laboratorium yang luar biasa yang memungkinkan para ilmuwan untuk membuat jutaan hingga miliaran salinan  dari potongan DNA tertentu.Â
Hasil PCR DNA kemudian di elektroforesis atau dipisahkan DNA-DNA nya atau fragmentnya sesuai dengan ukuran atau panjang DNA. Dalam mikrosatelit bisa menentukan anak dan orangtuanya dilihat dari panjang pengulangan basa (DNA) yang berulang, contohnya (TA)10, (AC)10, sehingga untuk panjang basa yang berulangnya sama banyak, maka hasil elektroforesis akan ada dalam satu garis yang sama. Dari hasil tersebut jika orang tua dan anak memiliki banyak garis pita DNA yang sejajar maka kemungkinan orang tua tersebut adalah orang tua kandung. Contohnya pada gambar A dan B (Gambar 3) kemungkinan memiliki hubungan kandung, dilihat dari beberapa pola pita yang sama atau sejajar.Â
Pada pengujian di bawah ini, sampel mencakup sampel dari ibu (barisan atas), anak (barisan tengah), dan dugaan ayah (barisan bawah). Penanda ibu yang diturunkan kepada anak adalah 6. Artinya penanda lain yang ada pada anak (7) pasti merupakan warisan dari ayah. Sang ayah diduga merupakan ayah kandung dari anak, karena memiliki penanda (7).
Keuntungan dari penanda mikrosatelit karena bersifat kodominan sehingga dapat dibedakan heterozigot dan homozigot. Terdapat melimpah dan merata pada genom. Mikrosatelit memiliki tingkat polimorfisme tinggi sehingga variasi signifikan diantara individu. akurat dalam membedakan genotipe, dan persiapan sampel yang mudah (Abdul, 2014). Ada beberapa manfaat mikrosatelit lainnya seperti diagnosis identifikasi penyakit, aplikasi dalam studi populasi, aplikasi dalam biologi konservasi, dan dalam forensik (Remya, dkk., 2010). Namun pada mikrosatelit ini dapat terjadi Homoplasy, Homoplasy sendiri menggambarkan struktur atau karakteristik biologis yang dimiliki oleh dua spesies berbeda yang tidak diwarisi dari nenek moyang yang sama (Scoville, 2019). Homoplasy merupakan kesamaan suatu ciri atau karakteristik pada spesies atau individu yang tidak berkerabat dekat. Sehingga akan sulit jika dilakukan pada kasus calon orang tua yang orang tuanya berkerabat (paman).
