Perairan laut yang mengelilingi Pulau Ambon terdiri atas beberapa bagian yaitu: perairan Teluk Ambon Luar, Teluk Ambon Dalam, Jazirah Leihitu, dan Jazirah Leitimur.Â
Setiap bagian perairan memiliki variasi tipe ekosistem dan karakter habitat, akibat perbedaan posisi astronomis dan geografis. Perairan Teluk Ambon memiliki ekosistem khas perairan tropis yaitu terumbu karang, lamun, dan mangrove, serta berbagai sumberdaya hayati yang dikandungnya.
Di sisi lain, wilayah pesisir Teluk Ambon telah dimanfaatkan untuk berbagai kepentingan, seiring pertumbuhan penduduk dan peningkatan aktivitas pembangunan.Â
Berbagai aktivitas pemanfaatan di wilayah ini antara lain: pelabuhan/dermaga dan jalur transportasi kapal Pelni, kapal ikan, kapal ferry, Pelabuhan Perikanan Nusantara, Pelabuhan Pangkalan Angkatan Laut dan POLAIRUD, area penambangan pasir dan batu, area penambatan perahu dan kapal, pembangunan pemukiman, restoran/cafe, penginapan, pusat pertokoan, pasar dan rumah sakit, aktivitas PLTD dan industry, serta lahan pertanian, perikanan tangkap dan budidaya.Â
Berbagai aktivitas antropogenik tersebut tentu memberikan dampak terhadap keberadaan dan keberlanjutan ekosistem termasuk sumberdaya hayati didalamnya.
Salah satu ekosistem di Teluk Ambon yang mendapat pengaruh aktivitas antropogenik yaitu ekositem mangrove. Hal ini terindikasi melalui penurunan luasan mangrove, perubahan struktur komunitas dan zonasi mangrove serta penurunan kualitas habitat biologi/fisik/kimia.Â
Kondisi ini secara langsung maupun tidak langsung mempengaruhi keberadaan organisme penghuni ekosistem mangrove. Padahal ekosistem mangrove memiliki peranan baik secara ekologis maupun ekonomis.Â
Peran ekologis ekosistem mangrove yaitu sebagai penjebak sedimen dan air tawar, pengcegah intrusi air laut, penghasil detritus yang dapat dimanfaatkan bagi organisme pemakan detritus (detritofor), komponen utama rantai makanan pada ekosistem mangrove, pendaur ulang zat hara, serta habitat bagi banyak organisme yang memanfaatkan ekosistem ini sebagi tempat berlindung, tempat mencari makan, tempat pengasuhan dan pembesaran, serta tempat bereproduksi.Â
Dengan demikian maka ekosistem mangrove Teluk Ambon merupakan ekosistem yang produktif.