Kekecewaan ketiga Soeharto diduga karena Habibie menyetujui pengusutan kasus korupsi Soeharto. TAP MPR No XI/MPR/1998 tentang Penyelanggaraan Negara yang Bersih dan Bebas Korupsi, Kolusi, dan Nepotisme (KKN) kemudian dibentuk.
"Baginya, itu adalah sebuah penghinaan besar. Pengadilan terhadap Mas Harto terus dilakukan dan Habibie membiarkan hal itu terjadi," ungkap Probosutedjo.
Soeharto kemudian terkena stroke dan dirawat di RS. Pertamina. Tim Dokter Kepresidenan melarang Habibie menemui Soeharto. Bukannya tanpa sebab. Senang atau marah tetap akan mempengaruhi emosi Soeharto. Potensi gejala emosi dapat meningkatkan pendarahan otak yang bisa berakibat fatal.
Meskipun pada akhirnya kasus Soeharto ditutup melalui SP3 oleh Jaksa Agung, tetap saja B.J. Habibie tidak pernah bertemu Soeharto lagi.
Jakarta, 2014
Enam belas tahun setelah lengsernya Soeharto, B.J. Habibie dengan berapi-api kembali membahas perkataan Soeharto lewat telpon yang menolak ajakannya bertemu.
Di hadapan Najwa Shihab dalam program Mata Najwa yang disiarkan Metro TV, Habibie berkata,
"Dia bilang tidak mungkin kamu ketemu dengan saya. Saya jawab kenapa? Dia bilang merugikan kita."
"Kita itu bukan Seoharto dan Habibie. Kita itu bangsa Indonesia." Pungkas Habibie.
Najwa Shihab lantas bertanya, "Apa ruginya dua pemimpin saling bertemu?"
"Ruginya, karena diadu domba. Dia kan orang yang sangat bijaksana dan tahu lapangan lebih dari Habibie." Jawab suami Ainun tersebut.
Lebih lanjut menurut Habibie, saat ditelpon Soeharto hanya meminta dirinya untuk menghadapi dan menyelesaikan segala masalah yang mendera negeri.
"Saya emosional dan bertanya kepada Pak Harto mengapa tidak bisa bertemu dengannya." Habibie melanjutkan wawancara Najwa.
Jawaban dan pesan Soeharto kepadanya;
"Habibie, saya tahu kamu anak saleh. Kamu salat lima kali sehari. Saya juga. Tapi kamu harus tahu, setiap kali saya shalat, Habibie, saya doa untuk kamu supaya kamu selamat dan sukses. Laksanakan tugasmu."
