Soeharto resmi mengundurkan diri pada 21 Mei 1998. Tepat pukul 09.00 WIB. Wakil Presiden BJ Habibie pun resmi ditunjuk menggantikan Soeharto sebagai presiden.
Siapa pun tak menyangka, itu adalah pertemuan tatap muka mereka yang terakhir.
Jakarta, 9 Juni 1998
Habibie sempat berbicara telepon dengan Soeharto, untuk mengucapkan selamat ulang tahun yang ke-77. Ia juga menyampaikan keinginannya untuk bertemu langsung.
"Tidak menguntungkan bagi keadaan sekarang, jikalau saya bertemu dengan Habibie. Laksanakan tugasmu dengan baik. Saya hanya dapat melaksanakan tugas sampai di sini saja. Saya sudah tua."
Siapa pun yang menyangka jika itu adalah pembicaraan terakhir Soeharto dan B.J. Habibie.
Banyak isu yang beredar. Salah satunya adalah dari Probosutedjo yang dikutip dari bukunya, "Romantika Probosutedjo: Saya dan Mas Harto." Ia mengungkapkan beberapa hal.
Jakarta, 19 Mei 1998
Habibie sempat berbicara dengan Soeharto tentang perkembangan situasi yang sedang terjadi. Awalnya ia menyatakan tidak sanggup menjadi presiden jika Soeharto mundur.
Namun setelah 14 menteri mengundurkan diri pada malam 20 Mei, Habibie berubah pendapat. Ia bersedia menggantikan Soeharto. Menurut Probosutedjo Soeharto sangat terkejut dengan pernyataan Habibie.
Kekecewaan kedua Soeharto menyangkut keputusan Habibie yang memberikan referendum kepada Timor Timur yang akhirnya terpisah dari Indonesia. Probosutedjo mengaku melihat kemarahan Soeharto dari sorot matanya saat keputusan itu diambil.