Dilansir situs resmi Nahdlatul Ulama, 1 Juni 2008. Gus Dur sendiri mengatakan bahwa pemerintah tidak berani pada FPI. Kelekar Gus Dur pada waktu dirinya akan membubarkan sendiri FPI.
Gus Dur sendiri menyatakan telah 15 tahun ingin membubarkan FPI. Namun, tidak ada pihak yang mendengarkan usulannya itu.
Banyak pertanyaan, mengapa pada saat masa pemerintahannya Gus Dur sendiri tidak membubarkan FPI? Ungkap Gus Dur, dirinya lebih mengutamakan kepentingan bangsa dan negara di atas keinginannya.
Gus Dur sendiri mengungkapakan bawasannya orang kerja butuh prioritas, dirinya memprioritaskan kerja  untuk menjaga Indonesia tetap satu, tidak terurai  (5 Juni 2008).
Sontak wacana pembubaran FPI yang akan dilakukan Gus Dur juga membuat adanya respon dari Rizieq Shihab saat itu.
"Waktu Gus Dur jadi Presiden, dia ingin membubarkan FPI, tapi mengapa Gus Dur yang bubar? Bukan FPI yang akan bubar, tapi kami yang akan membubarkan Gus Dur," kata Rizieq di markas FPI, Petamburan III, Slipi, Jakarta, 2 Juni 2008 seperti dilansir detik.com.
Dengan berbagai cerita Gus Dur dan FPI sendiri memang semuanya telah berlalu, Gus dur telah dipanggil yang maha kuasa 30 Desember 2009 lalu dan FPI sendiri sudah dibubarkan oleh pemerintah Rabu (30/12).
FPI sendiri kini seperti  HTI dan PKI yang sama-sama menjadi organisasi terlarang di Indonesia dan hanya akan menjadi sejarah baru.  Salah satu kader Nahdlatul Ulama, Zuhairi Misrawi menyebut pembubaran FPI sebagai bentuk peran negara dalam melindungi warganya dari ancaman intoleransi dan kekerasan.
Untuk itu akan kemanakah kader-kader ex FPI? Mungkinkah FPI sendiri akan melahirkan FPI-FPI baru? Seperti diketahui FPI sendiri pasca pembubarannya oleh pemerintah mendeklarasikan nama baru organisasi mereka yakni Front Persatuan Islam.
Salah satu tokoh ex FPI yang ikut dalam deklarasi nama baru tersebut adalah Ketua Umum FPI Shabri Lubis dan mengajak para kadernya untuk melanjutkan perjuangan membela agama, bangsa, dan negara Indonesia sesuai dengan Pancasila dan UUD 1945, melalui wadah baru tersebut
Meski FPI sendiri mungkin saja akan bertrasformasi, namun GP Ansor siap menampung jika memang ex simpatisan FPI ingin melanjutkan perjuangannya dengan bergabung dengan orams islam lain.
