Dalam kehidupan alamiah manusia barangkali sering menemukan ketidaksesuaian ilmu pengetahuan sebagai teori profane (baca: orientasi keduniawian) dengan agama (Islam) yang merupakan derivasi (penjabaran) firman Allah kepada makhluknya yang menjadi landasan sacral (baca: metafisik) sebagai sumber pengetahuan yang paling benar. Misalnya filsafat (mantiq/kalam) sebagai ilmu pengetahuan, banyak diperbincangkan sebagai sumber utama keraguan orang muslim terhadap Islam atau mungkin pendapat Freud dalam Psikologinya yang menganggap agama sebagai ilusi yang harus dimusnahkan dari peradaban. Tidak hanya itu ilmu Biologi, sejarah, politik, seni, dan lain-lain sebenarnya pada prinsipnya (era renaissance-modern) menolak peran agama dalam aktivitas keilmuannya. Maka lahirlah sekularisme ilmu dan agama.
