Semasa Kiai Ali memimpin, tercatat ada keseimbangan antara pembelajaran Al-Qur'an dan kitab kuning yang dipertahankan dan berkembang hingga saat ini. Pada tahun 1990 beliau mendirikan ponpes Krapyak atau dikenal dengan yayasan Ali Maksum yang berkembang pesat hingga saat ini.
Salah satu komplek mahasiswa yang berada di bawah naungan yayasan Ali Maksum adalah Komplek Gedung putih yang diasuh oleh Ibu Nyai Luthfiyah Baidlowi dan K.H Jirjis Ali yang merupakan putra dari K.H Ali Maksum , Komplek Gedung Putih dihuni oleh santri-santri yang juga sedang menempuh pendidikan di perguruan tinggi seperti UIN Sunan Kalijaga, Universitas Negeri Yogyakarta, Universitas Gajah Mada, dan Universitas Alma Ata, dll salah satu santri Komplek Gedung Putih adalah Fida, gadis yang berasal dari gunung kidul, nama lengkapnya adalah Zahrotul Mufida, ia adalah anak tengah dari 3 bersaudara, ayahnya bekerja sebagai perangkat desa dan ibunya sebagai ibu rumah tangga, keseharian fida adalah kuliah dari jam 7 pagi hingga jam 3 sore. Setelah itu pulang ke pondok dan ziyadahan atau membuat setoran hafalan yang baru dan akan disetorkan ke Ibu nyai ketika mengaji ba'da maghrib, setelah mengaji ba'da maghrib fida melakukan darusan surat-surat al-quran tertentu hingga menjelang jamaah isya kemudian ia melaksankan jamaah isya di mushola. Setelah itu fida makan malam hingga jam 20.00, setelah itu adalah ngaji kitab hingga jam 9, setelah mengaji ia akan mengulang hafalan  (muroja'ah) hingga jam 10 malam setelah itu tidur sebentar sampai jam 23.00, kemudian baru mengerjakan tugas hingga jam 2 malam. Selanjutnya ia akan istirahat hingga subuh. Setelah jamaah subuh fida mengaji kitab bersama bapak ustadz sampai jam 6 pagi dan ia akan bersiap-siap untuk berangkat kuliah.
Proses Awal Fida Menghafalkan Al-Qur'an
Fida mulai menghafal Al-Qur'an dari MTS kelas 3 di MTs Negeri 4 Gunung Kidul Yogyakarta, selanjutnya ia melanjutkan jenjang pendidikan di MA Negeri 1 Gunung Kidul Yogyakarta dan saat di MA ia  menjadi seorang santri kalong, awal masuk MA Fida mengaji binadzhor, dan mulai kelas 2 MA ia bertekad untuk mulai menghafal Al-Qur'an kembali. Setelah itu ia melanjutkan ke jenjang perguruan tinggi yakni di UIN Sunan Kalijaga dan sambil menjadi santri di Komplek Gedung Putih, Krapyak, dari situ dia mengulang lagi dari awal mengahafal Al-Qur'an.
Motivasi Fida
Motivasi Fida untuk menempuh pendidikan tinggi sambil menjadi santri adalah ingin membahagikan kedua orang tua bukan hanya di dunia saja tapi akhirat juga. Awal mulanya ia termotivasi oleh saudara sepupunya, karena rata-rata di keluarga besarnya adalah penghafal Al-Qur'an / hafidz hafidzhoh walaupun mempunyai latar belakang sebagai anak seorang tukang kayu tetapi rata-rata dapat menempuh jenjang pendidikan hingga menjadi seorang sarjana. Nah dari situlah awal fida berkeinginan menjadi seorang hafizhoh, tanpa berkuliah. Akan tetapi dengan berjalannya waktu dan mendapatkan saran dari beberapa saudaranya tersebut fida bertekad untuk menempuh pendidikan di perguruan tinggi, dengan niat mengaji sambal menempuh pendidikan. Fida  percaya dengan Al-quran urusan dunia pastinya akan terselesaikan.
Dukungan dari keluarga dan lingkungan Sekitar terhadap pilihan Fida saat ini
kedua orang tua Fida sangat mendukung fida untuk menjalani kuliah sambil menghafal Al-Qur'an dan berkegiatan lainnya bahkan kedua orang tuangya selalu mendoakan dan memberi semangat atas pilihan yang Fida ambil. Tidak hanya dari kedua orang tua saja tetapi kakak Fida juga selalu memberikan nasihat-nasihat untuknya. Keluarga Fida tidak pernah  menuntut apa-apa darinya.
Tips untuk membagi waktu ala fida
Melakukan kegiatan pondok sesuai dengan waktu-waktu yang sudah terjadwal di pondok, menggunakan waktu luang untuk mengerjakan tugas dan untuk kegiatan lainnya, dan harus meluangkan waktu untuk ziyadah dan muroja'ah agar seimbang.
Tantangan terbesar dan cara menghadapinya
Tantangan Fida ketika tugas-tugas kuliah yang diberikan sangat banyak, apalagi bersamaan dengan adanya praktikum-praktikum biologi karena fida mengambil prodi Pendidikan Biologi yang setiap harinya harus mengerjakan laporan, dan belajar untuk pre-test dan post-test, Â sehingga kemungkinan besar waktu untuk darusan sendiri akan berkurang. Untuk itu harus tetep dipaksa untuk selalu memberikan waktu luang untuk darusan. Ketika Fida dihadapkan dengan tantangan-tantangan tersebut maka ia akan meminta nasihat atau mencurahkan isi hati dan keluh kesahnya kepda orang tua terkadang sampai menangis, dan terkadang berusaha sekuat mungkin untuk menyelesaikan permasalahan-permasalahan yang ada.Karena keinginan Fida untuk saat ini adalah bisa menyelesaikan hafalan Al-Qur'annya dan bisa menyelesaikan pendidikan hingga sarjana
Pendapat Fida mengenai mondok dan kuliah saling melengkapi dalam pengembangan pribadi dan akademik
Dari mondok fida tau berbagai ilmu agama yang diajarkan oleh uztadz Sahiron, ustadz Mustaqim, Ustadz Jalil, Ustadz Anis, dan Ustadz Ihsan, dari kitab-kitab yang diajarkannya, sehingga dari situlah ia bisa tau apa saja yang harus di amalkan dan apa yang harus ia hindari. Dari perguruan tinggi juga fida dapat mengetahui berbagai ilmu akademik untuk bekal meraih cita-citanya menjadi guru.
Pendapat Fida mengenai peran pendidikan agama dalam kehidupan sehari-hari dan dalam karir masa depan
Peran pendidikan agama itu sangat penting, karena dengan pendidikan agama kita akan tau hukum-hukum yang terdapat dalam hadis dan Al-Qur'an mengenai perilaku kita.
pesan Fida untuk mahasiswa atau santri yang ingin menyeimbangkan pendidikan tinggi dengan mondok
"Seorang santri harus berani bersusuah payah demi masa depan yang cerah. Karena kesuksesan itu tidak bisa diraih dengan hanya bermalas-malasan saja. Maka dari itu semangat bagi para santri, dan lawan rasa malasmu demi meraih Ridho ilahi"
Harapan Fida untuk generasi muda yang juga ingin menyeimbangkan pendidikan formal dan pendidikan agama
Generasi muda saat ini harus bisa menjadi generasi yang cerdas, tidak hanya cerdas mengenai kepentingan dunia melainkan cerdas mengenai kepentingan akhirat juga
