Pendidikan karakter menjadi salah satu fokus utama di SMA-SMP Melati Perbaungan. Dengan semangat kebhinekaan dan toleransi, sekolah ini bertujuan membentuk siswa yang memiliki pemahaman yang baik tentang beragam nilai dan keyakinan, termasuk agama. Salah satu langkah nyata yang diambil oleh sekolah ini adalah meningkatkan pengajaran dan pemahaman tentang Al-Qur'an.
Pembina SMA-SMP Melati Perbaungan, Bapak Zulkarnain, mengatakan, "Kami percaya bahwa pendidikan karakter yang kuat adalah kunci untuk membentuk generasi muda yang berkualitas. Kami ingin siswa-siswa kami tidak hanya pintar secara akademik, tetapi juga memiliki moral dan etika yang baik. Oleh karena itu, kami memutuskan untuk menggalakkan pelajaran Al-Qur'an sebagai bagian dari upaya ini."
