Kapal selam ini baru saja selesai menjalani perbaikan dan pemeliharaan total (overhaoul) di Galangan Kapal Marine Engineering Korea Selatan. Perbaikan berlangsung selama 24 bulan meliputi perbaikan bangunan kapal, penggantian battere, overhaoul motor pokok, overhaoul generator, serta perbaikan pendukung lainnya. Disamping itu, selama perbaikan di Korea Selatan, KRI Nanggala-401 juga telah menjalani modernisasi alat komunikasi radio, sistem kendali senjata, sonar, radar serta alat bantu navigasi GPS (Global Positioning System).
