 Sebagai anak seorang ulama yang memiliki hubungan dekat dengan sang pengobar Perang Jawa, Muhammad Shaleh memiliki banyak kesempatan untuk mengenal dekat sahabat dan kerabat orangtuanya. Pertama-tama Muhammad Shaleh belajar pada Kyai Muhammad Syahid, seorang ulama dan pengasuh Pondok Pesantren Waturoyo, Margoyoso, Kajen, Pati. Guru Muhammad Shaleh itu adalah cucu dari Kyai Mutamakkin—seorang ulama besar yang hidup di zaman pemerintahan Paku Buwana II (1727-1749M). Dari Kyai Muhammad Syahid, Muhammad Shaleh belajar ilmu fiqih dan berhasil menghapal beberapa kitab induk. Di antaranya, Fath al-Qarib, Fath al-Mu’in, Minhaj al-Qawwim, Syarh al-Khatib, Fath al-Wahab dan lain-lain.
 Selain memperdalam fiqih kepada Kyai Muhammad Syahid, Muhammad Shaleh juga mempelajari kitab Tafsir al-Jalalain karya Imam Suyuti dari  Kyai Raden Haji Muhammad Shaleh bin Asnawi, Kudus. Belajar nahwu dan sharaf kepada Kyai Ishak Damaran, Semarang. Belajar ilmu falak dari Kyai Abu Abdillah Muhammad bin Hadi Buquni, yang seorang Mufti di Semarang. Mempelajari kitab Jauhar al-Tauhid karya Syekh Ibrahim al-Laqqani dan Minhaj al-Abidin karya imam Ghazali dari Kyai Ahmad Bafaqih Ba’alawi, Semarang. Belajar Masail al-Sittin karya Abu Abbas Ahmad al-Mishri. Yaitu sebuah kiab yang beisi ajaran-ajaran dasar Islam yang sangat populer di Jawa pada abad ke-19 M kepada Syekh Abdul Ghani Bima, Semarang. Selain itu, Muhammad Shaleh juga mendalami tashawuf dan tafsir Al-Qur’an dari Kyai  Muhammad Alim di Bulus Gebang Purworejo.
 Belum puas belajar agama kepada ulama-ulama di Jawa, Muhammad Shaleh ingin memperdalam ilmu agama di Makkah. Ia berangkat ke Makkah bersama dengan Ayahnya. Selepas menunaikan ibadah haji, Kyai Umar As-Samarani meninggal dunia. Muhammad Shaleh memutuskan untuk tinggal menetap di Makkah dengan tujuan memperdalam agama Islam dari ulama-ulama besar yang ada di tanah suci. Selama di Makkah, Muhammad Shaleh belajar ilmu-ilmu aqidah, khusunya kitab Ummul Barahin karya Imam As-Sanusi kepada Syekh Muhammad al-Maqri a-Mishri al-Makki. Belajar Ihya’ Ulum al-Diin dari Al-‘Allamah Sayyid Ahmad bin Zaini Dahlan, mufti madzab Syafi’iyah di Makkah. Memperdalam fiqih dengan menggunakan kitab Fath al-Wahhab dan Syarh al-Khatib, serta Nahwu dengan menggunakan kitab Alfiyah Ibnu Malik kepada Syekh Muhammad bin Sulaiman Hasballah. Menelaah kitab al-Hikam karya Ibnu Atha’illah dari Al-‘Allamah Ahmad An-Nahawi al-Mishri al-Makki. Belajar kitab Ihya’ Ulum al-Din juz 1 dan 2 dari Sayyid Muhammad Shalih al-Zawawi al-Makki, salah seorang guru di Masjid Nabawi. Selain itu, Muhammad Shaleh juga belajar kitab Fath al-Wahhab Kyai Zahid dan Syekh Umar a-Syami. Dari Syekh Yusuf al-Sanbalawi al-Mishri, Muhammad Shaleh belajar Syarh al-Tahrir karya Zakaria al-Anshari. Sedangkan tafsir Al-Quran didapat dari Syekh Jamal, seoang Muftti Madzab Hanafiyyah di Makkah.
 Pada saat bermukim di Makkah, Muhammad Shaleh mendapat perhatian khusus dari penguasa tanah suci sehingga diberi kesempatan untuk menjadi pengajar di Makkah. Saat menjadi guru di Makkah inilah Muhammad Shaleh bertemu dengan  Hadi Girikusuma, seorang ulama dan pendiri Pesantren Mranggen, Demak. Hadi Girikusuma inilah yang memiliki andil besar membujuk Muhammad Shaleh untuk meluaskan jaringan dakwah di Semarang. Melihat kegigihan Muhammad Shaleh, hati Hadi Girikusuma merasa terpanggil untuk mengajaknya pulang ke Jawa untuk sama-sama mendakwahkan ajaran Islam di Nusantara. Hadi Girikusuma inilah yang memiliki andil besar membujuk Muhammad Shaleh untuk meluaskan jaringan dakwah di Semarang. Di Kampung Nipah Darat, Semarang itulah akhirnya Muhammad Shaleh mendirikan pesantren dan mencetak kader-kader pelanjut perjuangan Islam.
 Selama hidup, Muhammad Shaleh pernah menikah tiga kali. Pernikahannya yang pertama dilaksanakaan sewaktu ia masih tinggal di Makkah. Tidak jelas siapa nama perempuan yang dinikahi Muhammad Shaleh di Makkah, tapi tercatat bahwa dari pernikahannya itu Muhammad Shaleh dikarunia seorang anak laki-laki bernama Ibrahim. Pada saat Muhammad Shaleh pulang ke Jawa, istrinya sudah meninggal dan Ibrahim tetap tinggal di Makkah. Untuk mengenang anak sulungnya itu, Muhammad Shaleh menggunakan nama  Abu Ibrahim pada halaman sampul kitab karangannya yang berjudul, Faidh al-Rahman.
 Setelah tinggal di Semarang, Muhammad Shaleh menikah dengan dengan salah seorang anak Kyai Murtadha, teman seperjuangan Ayahnya yang tinggal di Semarang. Dari pernikahannya dengan Sofiyah, Muhammad Shaleh dikaruniai dua orang anak yang bernama Yahya dan Khalil. Pernikahan Muhammad Shaleh yang ketiga dengan Siti Aminah, putri Bupati Bulus, Purworejo yang seorang keturunan Arab. Dari perkawinannya itu, mereka dikaruniai beberapa anak. Salah satunya adalah Siti Zahrah yang kemudian dijodohkan dengan Kiai Raden Dahlan—santri Muhammad Shaleh yang berasal dari Tremas, Pacitan.
 Muhammad Shaleh yang kemudian dikenal dengan Kyai Haji Shaleh Darat adalahseorang ulama besar dizamannya. Ketinggian ilmunya tidak hanya sebatas pada karya-karya dan keberhasilan murid-muridnya menjadi ulama-ulama besar di Jawa, tapi juga dapat dilihat dari pengakuan penguasa Mekkah saat ia bermukim di sana. Ia dinobatkan menjadi salah seorang pengajar sebagaimana Syaikh Ahmad Khatib Al-Minangkabawy. Selain itu, Kyai Haji Shaleh Darat adalah seorang ulama cerdas merangkul orang awam. Seorang Mubaligh yang piawai merangkul para awam dengan bahasa yang mudah dipahami. Seorang ulama perangkul, bukan pemukul, pendidik bukan pembidik.
 Kyai Haji Shaleh Darat meninggal pada Jum’at Wage, 18 Desember 1903 Masehi. Jasadnya yang tak pernah lelah digunakan untuk berdakwah dan menyeru kaum awam mendekat pada ajaran Tuhannya itu disamadikan dengan tenang di pemakaman umum Bargota, Semarang. []
