Setelah Raja Sanjaya wafat, kekuasaan dipegang oleh Dapunta Sailendra, pendiri wangsa Sailendra. Para raja keturunan wangsa Sanjaya seperti Sri Maharaja Rakai Panangkaran, Sri Maharaja Rakai Panunggalan, Sri Maharaja Rakai Warak, dan Sri Maharaja Rakai Garung merupakan raja bawahan dari wangsa Sailendra. Oleh Karena adanya perlawanan yang dilakukan oleh keturunan Raja Sanjaya, Samaratungga (raja wangsa Sailendra) menyerahkan anak perempuannya, Pramodawarddhani, untuk dikawinkan dengan anak Rakai Patapan, yaitu Rakai Pikatan (wangsa Sanjaya).
Rakai Pikatan kemudian menduduki takhta Kerajaan Mataram Kuno. Melihat keadaan ini, adik Pramodawarddhani, yaitu Balaputeradewa, mengadakan perlawanan namun kalah dalam peperangan. Balaputeradewa kemudian melarikan diri ke P. Sumatra dan menjadi raja Sriwijaya.
Pada masa Sri Maharaja Rakai Watukura Dyah Balitung Dharmodaya Mahasambu berkuasa, terjadi perebutan kekuasaan di antara para pangeran kerajaan mataram kuno. Dan pada masa Sri Maharaja Rakai Sumba Dyah Wawa berkuasa, kerajaan ini berakhir dengan tiba-tiba. Diduga kehancuran kerajaan ini akibat bencana alam karena letusan Gunung Merapi, Magelang, Jawa Tengah. Meletusnya Gunung Merapi tersebut konon dianggap sebagai Paralaya (kehancuran dunia) dan kehancuran kerajaan mataram kuno.
Apa dan bagaimana sebenarnya Kerajaan Mataram Kuno itu merupakan bahan tema yang sangat menarik untuk bahan peliputan. Mengingat begitu banyaknya peninggalan dari Kerajaan Mataram Kuno diantaranya sangat fenomenal seperti Candi Prambanan dan Candi Borobudur.
Namun hingga kini masih belum terdapat kesepakatan para ilmuwan untuk menentukan dan memastikan lokasi induk kerajaan mataram kuno itu berada. Ia seakan lenyap di telan bumi dengan beragam spekulasi dan teori yang mengiringi kemusnahannya.
Penemuan di kampus UII Yogyakarta dan upaya ekskavasi yang dilakukan memiliki nilai sangat penting, ibarat suntikan ‘darah baru’, karena bisa menjadi pintu masuk untuk menguak lebih dalam keberadaan kerajaan mataram kuno tersebut.**
