Museum Sejarah Jakarta bukan hanya berfungsi sebagai tempat menyimpan, merawat dan memamerkan benda-benda bernilai historis, tetapi sekaligus sebagai saksi dinamika sejarah bangsa mulai dari masa prasejarah hingga bertransformasi menjadi Batavia, lalu Jakarta. Museum Sejarah Jakarta juga dikenal dengan nama Museum Batavia, dan adapula yang menyebutnya Museum Fatahillah karena lokasinya berada di Jl. Taman Fatahillah sarat dengan nilai budaya dan sejarah yang tinggi.