Berbagai kontroversi terkait peristiwa G 30 S/PKI tahun 1965 sampai sekarang belum terungkap ,dan kelihatannya pemerintah kurang berminat untuk mengungkapkannya secara objektif .Memang paham komunis pertama sekali tercatat dalam sejarah Indonesia di bawa oleh Sneevlet,seorang Marxis/Leninisme yang mulanya untuk merongrong SDI.
Kemudian Sneevlet mendirikan organisasi ISDV yang selanjutnya bersama Semaun, kepala Cabang SDI Semarang merongrong internal SDI sehingga terpecah dua.Seumaun bergabung ke ISDV seiring membawa SDI cabang Semarang kepada paham progressif Revolusioner yang berlawanan dengan pimpinan pusat SDI secara keseluruhan.Karenanya SDI Cabang Semarang ,Jawa Tengah kemudian di anggap sebagai SDI Merah yang selanjutnya menjadi PKI . Sementara SDI pimpinan HOS.Cokroaminoto selanjutnya di sebut sebagai SDI putih yang kemudian menjadi PSSI.
Dalam perjalanan sejarah perjuangan mempertahankan kemerdekaan Indonesia,PKI melancarkan kudeta militer tahun 1948 di Madiun.Pemberontakan PKI Madiun sangat berbahaya,karena Indonesia di hadapkan kedalam dua front sekakigus,di satu sisi harus melawan Belanda namun di sisi lainnya secara bersamaan pula harus bisa memtahkan pemberontakan tersebut. Dalam pemberontakan PKI tahun 1948 itu, Amir Syarifuddin manatan PM ikut pula memperkuat posisi PKI,sebagaiamana juga aktifis FDR lainnya.
Pemberontakan tersebut akhirnya dengan susah panyah bisa di gagalkan,satu persatu wilayah berhasil direbut kembali dari PKI,namun demikian Presiden Sukarno belum membubarkannya.PKI tereus bergerak seiring semakin sengitnya pewranag dingin antara Blok barat pimpinan AS dan Blok Timur Uni Sovyet.
Bersamaan itu pula rejim Orde lama pimpinan Presiden Sukarno yang sudah terombang ambing dari dan ke Barat-Timur, sehingga rejim mulai meninggalkan UUD 1945 dan bergabung ke Timur dengan membentuk poros Jakarta,Hanoi,Beijing dan Pyongyang.Presiden Sukarno mengeluarkan dekrit 5 juli 1959,Parlemen di bubarkan berikut anggotanya di bubarkan.Lalu Sukarno mengambil alih semua kekeuasaan, sehingga saat itu semua kekuasaan eksekutif,Legislatif dan Yudikatif berada di bawah satu tangan,Sukarno.
Dekrit Presiden dikeluarkan dengan alasan untuk kembali ke UUD 1945,tetapi hanya alasannya belaka yang tidak pernah ditepatinya.Bahkan sebaliknya Presiden Sukarno mengkhianati UUD dengan memegang semua kekuasaan,serta ia mengarahkan Indonesia pro Blok Timur sehingga semakin kuatnya pengaruh PKI dalam berbagai lini dalam permerintah Orde lama.
Konsekuwensi dari ketidak konsistensinya kepada UUD dan pancasila,maka rejim Orde lama mendapat perlawanan dari berbagai daerah di Indonesia yang sebagiannya mendapat dukungan Barat.Dalam kontek ini memaksa Sukarno semakin anti barat dan pro Timur yang sesuai dengan kemauan PKI.Konstalasi krisis politik,ekonomi domistik yang parah seiring menguatnya tekanan Barat semakin terkucilnya Indonesia dari dunia internasional.
Untuk itu rejim Orde lama coba mengalihkan perhatian rakyat dari krisis domistik kepada ancaman asing, dengan mengobarkan konfrontasi dengan Malaya,pembebasan Irian Barat.Tetapi itu juga mengalami kegagalan sehingga Sukarno mengeluarkan Indonewsia dari keanggotaannya dari PBB,serta menjalankan politik"Mercusiar",menyelegarakan Ganefo sebagai tandingan pesta olahraga Olimpiade tersebut.
Seiring dengan terkucilnya Indonesia dari dunia Internasional ,dan semakin menguatnya kekuatan PKI pimpin DN.Aidit dan organisasi satelitnya dalam berbagai komponen elite politik dan juga militer.Bahkan terkesan Sukarno menikmatinya,berkuasa di atas komplikasi antara PKI dan AD .Namun kemudian konflik itu terjadi juga yang sampai sekarang sulit terungkap kebenarannya.
Kalau pernah menyksikan film pengkhianatan G 30 S/PKI yang selalu di putar setiap tanggal 30 September di zaman Orde Baru ,yang memperlihatkan bahwa PKI itu dengan Gerwaninya sangat kejam.Mereka telah menculik para jenderal AD dan di bawa ke Lubang Buaya ,dan disana disiksa luar biasa jauh dari batas-batas perikemanusiaan.Kelihatannya pula,bahwa Suharto dengan amat mengherankan luput dari perhartian PKI padahal menduduki posisi strategis sebagai Komandan Kostrad, yang sebelumnya sudah bertemu dengan Kolonel Latif .
Dalam kontesk ini PKI menuding bahwa terdapat"Dewan Jenderal"yang hendak merebut kekuasaan dari rejim Orde lama pimpinan Presiden Sukarno sehingga mereka mendahuluinya untuk menyelamatkannya, seriring menculik para jenderal AD yang di eksekusi di Lubang Buaya,kawasan belakang Bandara Halim Perdana Kusuma.Menurut ceritera dalam film G 30 S/PKI dengan jelas kelihatan betapa biadabnya PKI dan Gerwani yang melakukan penyikasaan terhadap para Jenderal tersebut.
Namun menurut hasil visum dokter terhadap jenazah patara jenderal yang kemudian di ambil oleh Suharto,namun fotokopinya di ketemukan beberapa tahun kemudian bahwa tidak ada tanda-tanda penyiksaan seperti itu terhadap jenazah para jenderal"pahlawan revolusi" itu.Jadi banyak terdapat kejanggalan yang perlu di pertanyakan tentang sejarah G 30 S/PKI tersebut.Terkait dengan masalah itu misalnya dimana naskah Supersemar yang asli ,juga dimana sekarang surat visum et reportum asli yang diambil oleh Suharto itu ?
Kemudian pertanyaan serupa sebelum terjadi penculikan terhadap para Jenderal,Brigjen Suharto bertemu dengan Kolonel Latif .Dan apakah hal itu sebagai indikasi bahwa sesungguhnya Suharto sudah mengetahui gerakan tersebut sebelumnya ? .Lalu apa yang sebenarnya terjadi di balik peristiwa berdarah tersebut ? Dan sekiranya naskah asli Supersemar itu ada dimana sekarang,masak landasan berdirinya Orde baru itu hanya berdasarkan secarik fotokopi belaka ? Lalu mengapa pemeritah juga sepertinya kurang perhatiannya untuk menyelidiki peristiwa tersebut ,karena terkait suatu pelanggaran HAM yang berat.