Konflik dua Negara serumpun mulai terjadi sejak era pemerintahan Presiden Soekarno dan Perdana Menteri Abdul Rahman pada tahun 1962-1966. Bermula ketika Malaysia ingin menggabungkan Brunei, Sabah dan Sarawak dengan Persekutuan Tanah Melayu. Tentu saja keinginan itu ditentang habis oleh Presiden Soekarno yang menganggap Malaysia sebagai "boneka" Britania. Dari situlah konfrontasi bermula hingga menciptakan demonstrasi besar-besaran anti-Indonesia di Kuala Lumpur. Bahkan dalam satu kesempatan para demonstran tersebut menyerbu gedung KBRI, merobek-robek foto Soekarno, membawa lambang negara Garuda Pancasila ke hadapan Tunku Abdul Rahman dan memaksanya untuk menginjak Lambang Negara tersebut.
