Kedua kerajaan ini sulit berdamai, karena manusia terus mendesak keberadaan kaum Dark Feys yang makin terpinggirkan. Bahkan Ratu Ingrith memiliki program pemusnahaan kaum Dark Feys dengan penelitian yang mencampurkan bunga khusus yang terdapat pada kerajaan Moors dengan serbuk besi guna menghancurkan kaum Dark Feys termasuk peri-perinya.
Itulah sebabnya ada saja manusia yang berani menerobos wilayah Moors guna mencari bunga yang akan ditukar dengan uang, tentunya dengan taruhan nyawa bila ketahuan penjaga wilayah Moors. Sebaliknya, manusia selalu hidup dalam ketakutan, karena sewaktu-waktu Ratu Maleficent dengan kekuatan sihirnya dapat memporak porandakan kehidupan manusia.
Beruntunglah masih ada tokoh baik diantara dua ratu yang terus berseteru. Yakni Raja John (Robert Lindsay) dan Pangeran Phillip (Harris Dickinson), putranya, yang mendambakan perdamaian diantara ke dua kerajaan. Maksud ini bersambut, karena Phillip jatuh cinta pada Puteri Aurora (Elle Fanning), anak angkat Ratu Maleficent.
Maleficent dan putri angkatnya Aurora mulai berseteru, setelah keduanya memiliki pandangan yang berbeda tentang arti keluarga. Rencana pernikahan Aurora ditentang oleh Maleficent yang didukung pasukan gelapnya. Namun Aurora tetap nekad menerima pinangan Phillip.
