Sejarah Museum Wayang bisa bervariasi tergantung pada lokasi museum tersebut, ada beberapa Museum Wayang di Indonesia yaitu Museum Wayang Gajah yang terletak di Yogyakarta, Museum Wayang Sumenep terletak di Sumenep, Pulau Madura, Jawa Timur, dan Museum Wayang Jakarta, yang terletak di Kota Tua Jakarta salah satu museum wayang terkenal di Indonesia.
Museum Wayang di Jakarta ini didirikan pada tahun 1975. Museum ini memiliki koleksi wayang kulit, wayang golek, dan wayang orang, serta berbagai aksesori dan alat yang terkait dengan seni wayang. Museum ini berfungsi sebagai tempat pembelajaran dan penghargaan terhadap warisan budaya Indonesia.