Status Cagar Alam yang diberikan kepada Kepulauan Krakatau memberikan batasan-batasan tertentu terhadap perlakuannya. Sesuai dengan UU RI No. 5 Tahun 1990 Cagar Alam termasuk ke dalam suaka alam dan di kawasan tersebut aktivitas yang dapat dilakukan adalah hanya untuk kepentingan penelitian dan pengembangan ilmu pengetahuan, pendidikan dan kegiatan lainnya yang menunjang budidaya. Setiap orang dilarang melakukan kegiatan yang dapat mengakibatkan perubahan terhadap keutuhan kawasan suaka alam.
Contoh lain yang sedikit melanggar hukum adalah kegiatan wisatawan yang melakukan snorkeling dan diving secara bebas di kawasan ini. Memang tidak semua tempat dilakukan snorkeling dan diving, tetapi apabila hal tersebut terus dilakukan dan tanpa adanya pemahaman dan pengawasan terhadap aktivitas tersebut, ekosistem terumbu karang pasti akan terpengaruh sedikit demi sedikit. UU No 5 jelas melarang terhadap segala macam kegiatan yang dapat mengubah keutuhan kawasan cagar alam. Kegiatan yang paling bisa dilakukan adalah kegiatan penelitian dan sekalipun wisata adalah wisata yang berbasis ekstrim ekologi atau beretika lingkungan kategori deep ecology. Artinya sangat memperhatikan lingkungan wisata, bukan wisata massal (mass tourism) yang akan berakibat buruk terhadap kawasan cagar alam itu sendiri.
