Secara umum, permasalahan yang kerap muncul dalam pengelolaan APBD adalah minimnya transparansi dan akuntabilitas. Karena masalah ini, APBD tidak terintegrasi dengan baik, yang dapat menyebabkan duplikasi anggaran dan inefisiensi. Selain itu, kurangnya kontrol dan pengawasan dapat meningkatkan kemungkinan korupsi dan penyelewengan dana publik. Hal ini menghambat realisasi program-program yang bertujuan untuk meningkatkan kesejahteraan masyarakat. Oleh karena itu, diperlukan perbaikan terus-menerus untuk memastikan pengelolaan APBD berjalan dengan baik.