Tak bisa disangkal lagi bahwa layanan kereta komuter dibawah pimpinan Jonan meningkat pesat. Jonan bahkan berhasil menghapus kebiasaan tak bisa dihilangkan pengguna jasa kereta api sejak lama yaitu naik tanpa membayar tiket dan naik diatas gerbong kereta rel listrik yang merupakan tindakan yang amat berbahaya.