Hal ini mengindikasikan kepada kita bahwa pendidikan islam di Indonesia masih dibalut sejumlah problematika. Adanya suatu problem tentunya berakar dari penyebab eksternal dan penyebab internal. Begitu pun dengan pendidikan islam, Problem internal dan ekternal juga hadir di tengah-tengah pendidikan Islam. Mulai dari permasalahan internal seperti yang berkaitan dengan managemen hingga persoalan ekternal seperti politik dan ekonomi. Semuanya telah menambah sederet daftar problem yang seharusnya kita tindak lanjuti. Kadang kita dapati problem internal yang menyerang pendidikan islam itu di antaranya adalah terletak pada manajemen pendidikan yang diterapkan, atau Kadang kita dapati managemen pendidikan islam yang tidak jelas tujuan yang hendak dicapainya, atau kurangnya tenaga pendidik yang berkualitas dan professional.
Keadaan ini tentunya menyebabkan adanya fenomena ketidakkreatifan peserta didik. Padahal, managemen siswa yang baik meliputi pengolahan siswa untuk menjadi output yang lebih baik. Dan hal ini menunjukkan bahwa menegemen pendidikan dalam lembaga pendidikan islam pada umumnya belum mampu menyelenggarakan pembelajaran dan pengelolaan pendidikan yang efektif dan berkualitas. Sedangkan problem eksternal pendidikan islam di antaranya adalah adanya perlakuan diskriminatif pemerintah terhadap pendidikan Islam. Alokasi dana yang diberikan pemerintah sangat jauh perbedaannya dengan pendidikan yang berada di lingkungan Diknas. Padahal pendidikan Islam juga bermisi untuk mencerdaskan bangsa, sebagaimana juga misi yang diemban oleh pendidikan umum.
