Gereja Protestan Indonesia Bagian Barat (GPIB) Zebaoth yang berada di tengah kota Bogor mempunyai hubungan yang baik dengan gereja lainnya. GPIB mempunyai jalinan hubungan dengan gereja-gereja lain yang disebut dengan “Musyawarah Pelayanan”. Musyawarah pelayanan ini merupakan musyawarah antara gereja-gereja GPIB di wilayah tertentu. GPIB Zebaoth masuk ke dalam gereja Jawa Barat II yang terdiri dari sembilan belas gereja. Sembilan belas gereja ini disebut dengan PGIS (Persekutuan Gereja-Gereja Indonesia Setempat Bogor). Selain PGIS, ada juga yang disebut Badan Kerjasama Gereja-Gereja Bogor.
