Pihak yang paling bertanggung jawab terhadap penanganan radikalisme agama di Indonesia ialah Pemerintah Republik Indonesia. Dalam hal ini, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono tidak hanya memegang peran strategis, namun juga tanggung jawab yang besar. Sebagai kepala pemerintahan yang dipilih secara sah oleh lebih dari separuh warga negara, Presiden SBY wajib melindungi dan menjamin hak hidup segenap penduduk Indonesia.
