Terdengar isu di berbagai media bahwa salah satu permasalahan yang akan dievaluasi oleh Anis Baswedan adalah berkenaan dengan tata cara membuka dan menutup proses belajar.Persoalan ini dimunculkan oleh sejumlah orangtua murid yang mengeluhkan tata cara agama tertentu yang mendominasi dalam proses belajar mengajar. Hal itu membuat siswa penganut agama lain menjadi tidak nyaman.
