Setibanya di Rutan Sumenep, para tahanan langsung menjalani serangkaian prosedur standar. Pertama, mereka melalui proses penggeledahan kemudian registrasi untuk pendataan identitas dan riwayat kasus. Setelah proses registrasi selesai, para tahanan kemudian menjalani pemeriksaan kesehatan oleh tim medis Rutan Sumenep. Pemeriksaan ini meliputi cek kesehatan umum untuk memastikan kondisi fisik para tahanan dalam keadaan baik dan tidak ada masalah kesehatan yang memerlukan perhatian khusus.