Beliau adalah putra Sunan Ampel dari seorang ibu bernama Dewi Candrawati atau lebih dikenal dengan sebutan Nyai Ageng Manila,bernama Syarifuddin atau Raden Qosim. Beliau adalah adik dari Sunan Bonang yang dilahirkan 3 tahun setelah kelahiran Sunan Bonang. Â
Sebagaimana kakaknya, sejak kecil Raden Qosim banyak belajar dengan ayahnya, pada masa muda Raden Qosim juga banyak membantu ayahnya berdakwah, sehingga ia sudah banyak mengenal lingkungan sekitarnya dan memahami kebudayaan masyarakat yang turun temurun. Ketika bekal untuk berdakwah sudah cukup di miliki maka Raden Qosim diperintahkan oleh Sunan Ampel untuk berdakwah ke pantai utara Iawa Timur. Â
Dengan menumpang perahu banjang iapun berlayar ke laut Jawa melalui selat Madura, kebetulan kelima awak kapal itu orang Hindu, sehingga sebelum berlayar terlebih dahulu mereka membuat sesajen untuk dewa penjaga laut. Melihat hal ini, Raden Qosim memberikan penjelasan kepada mereka tentang pembuatan sesajen yang baru saja mereka lakukan. Terhadap penjelasan Raden Qosim mereka tidak memperdulikannya dan bahkan mengolok-olok dan terus mentertawakan Raden Qosim, sampai akhirnya badai pun datang.Â
