Masa-masa pemerintahan Gus Dur banyak diwarnai dengan konflik elit politik yang berlangsung secara terus menerus dan kekerasan di tingkat massa juga terus berlanjut. Ucapan-ucapan Gus Dur yang sering tidak terkontrol membuat tidak nyaman banyak kalangantermasuk kelompok yang mendukungnya dalam sidang umum MPR. Contoh dari ucapan-ucapan tersebut seperti ucapan dia mengenai konflik Aceh. Ketika Timor Timur baru lepas dari rangkulan republik Indonesia Gus Dur sempat menyampaikan kesimpulan , berdasarkan konsistensi, bahwa kurang adil juga nanti kalau rakyat Aceh dilarang menempuh jalan serupa (seperti Timor Timur). Hal ini tentu banyak mengagetkan banyak orang, karena hal ini seakan-akan Indonesia membuka lebar pintu keluar bagi setiap provinsi yang ingin keluar dari Indonesia, yang dapat berakibat fatal karena dapat menimbulkan perpecahan negara. Ya, walaupun kemudian setelah mengagetkan banyak orang dia menjelaskan bahwa pilihan aceh yang dimaksud dalam arti mau tidaknya diterapkan hukum Islam di wilayah itu bukan pilihan ingin merdeka atau tidak.
