Museum batik pekalongan diresmikan pada 12 juli 2006 oleh presiden republik Indonesia yang ke -6 yaitu susilo bambang yudhoyono bersamaan dengan hari Nasional ke -59.  Museum  ini terletak dijln.jetayu no 1 museum batik pekalongan . Gedung museum ini sebelumnya adalah bekas kantor balai kota Pekalongan, pada masa penjajahan kolonial Belanda gedung tersebut merupakan kantor keuangan yang membawahi tujuh pabrik gula di karesidenan Pekalongan,  pendirian museum batik tak lepas Dari usaha masyarakat yang termasuk dalam berbagai komunitas Pecinta batik baik dipekalongan maupun skala Nasional,  Pada tanggal 29 Desember 2005 diadakan pertemuan forum bisnis Orang Pekalongan (OPEK) yang membahas tawaran Kota Pekalongan sebagai lokasi peringatan hari Koperasi Tingkat Nasional ke-59.Pembentukan lembaga museum batik melibatkan Yayasan Kadin Indonesia dengan pemerintah Kota Pekalongan, Yayasan Batik Indonesia, Paguyuba Berkah, Yayasan Kadin Kota Pekalongan, Paguyuban Pecinta Batik Pekalongan, serta pakar batik Asmoro Damais yang bersedia menjadi curator museum. museum batik kini menjadi tujuane wisata bagi pelajar dan masyarakat sekitarnya . Museum batik dijadikan pusat data dan informasi mengenai batik ; sebagai pusat riset dan pengembangan ilmu desain batik dan acuan dalam hal perbatikan mengkoleksi batik klasik dan batik lawasan dan batik kontemporer. untuk ticket masuk museum batik pengunjung cukup membayar Rp.7000 per orang, bagi kalangan pelajar ticket masuknya Rp.3000 per orang. Adapaun wisatawan macanegara dikenakan ticket masuk dengan Harga Rp. 20.000 per orang .
Fasilitas yang dimiliki museum ini terdiri Dari ruang koleksi batik , ruang perpustakaan batik,ruang bermain anak, kedai batik, ruang pertemuan , ruang konsultasi atau pelayanan hak kekayaan intelektual,  ada juga layanan tur atau guide , dan workshop membuat batik. Museum ini memiliki tiga ruang pamer. Ruang utama digunakan  untuk Ruang utama juga untuk memamerkan  Alat dan bahan yang digunakan dalam proses membatik juga dipamerkan di ruangan ini, salah satu alat yang dipamerkan adalah canting. Ruang pamer kedua diisi koleksi aneka batik yang disumbangkan oleh pejabat negeri antara lain: batik sumbangan dari Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan istrinya, kristiani herawati, koleksi ini disumbangkan pada bulan Juli 2012, kemudian batik dari Wakil Presiden budiono  beserta istri, batik sumbangan dari Hatta rajasa berserta istri, dan batik sumbangan Ainun habibie. Ruang pamer ketiga memamerkan koleksi batik yang berasal dari berbagai daerah seperti, banten, Kalimantan, garut, indramayu, Madura, dan Papua, karena koleksi yang berada di ruang pamer ini berasal dari berbagai macam daerah maka ruang pamer ketiga ini dinamakan Ruang Batik Nusantara.
Museum Batik Pekalongan tidak hanya berfungsi sebagai tempat penyimpanan dan pameran kain batik, tetapi juga sebagai pusat pelestarian dan pendidikan mengenai batik. Pada tahun 2009, UNESCO mengakui batik sebagai Warisan Budaya Tak Benda, yang semakin menegaskan pentingnya pelestarian batik melalui tempat-tempat seperti Museum Batik Pekalongan.
Museum Batik Pekalongan juga mempunyai Telecenter. Telecenter museum batik berdiri pada tanggal 13 Agustus 2008 diluncurkan bersamaan dengan peringatan hari kebangkitan teknologi nasional di Kota Pekalongan untuk memperkaya kelengkapan Museum batik di Kota Pekalongan. Telecenter ini dipergunakan sebagai sarana pembelajaran masyarakat khususnya dan pusat pemberdayaan bagi masyarakat yang ingin mengenal segala sesuatu tentang batik. Lebih dari itu diharapkan dapat menjadi sarana atau tempat berkreativitas bagi para komunitas yang bergerak di bidang batik.
Dan Museum Batik Pekalongan  juga sering mengadakan workshop membuat batik bagi seluruh kalangan masyarakat, terutama pelatihan untuk pelajar sebagai generasi muda. Biasanya pelatihan tersebut dapat dilakukan di dalam museum maupun secara langsung ke sekolah atau institusi lain. Tentu saja diharapkan dengan sering diadakannya pelatihan tersebut, batik akan selalu lestari sampai kapan pun. Bertujuan untuk  terus berupaya memberikan ruang masyarakat untuk mengenal lebih dekat bagaimana keindahan salah satu warisan budaya Kota Pekalongan melalui proses pembuatan batik.
Adanya kecintaan masyarakat terhadap Museum Batik Pekalongan yang semakin tinggi, Museum Batik Pekalongan terus berupaya melestarikan dan mengapresiasi kekayaan warisan budaya tersebut.Kepedulian terhadap lingkungan juga menjadi fokus Museum Batik Pekalongan. Mereka berupaya menggunakan bahan ramah lingkungan dalam proses produksi batik dan mempromosikan praktik berkelanjutan dalam industri batik.Sebagai bagian integral dari warisan budaya Indonesia, Museum Batik Pekalongan terus berperan penting dalam menjaga dan mempromosikan batik tidak hanya di dalam negeri tetapi juga dunia.Melalui upaya yang tiada henti dan komitmen yang kuat, museum ini terus menjadi titik penting dalam melestarikan kekayaan budaya bangsa. Salah satu yang membuat Museum Batik Pekalongan istimewa adalah upayanya melestarikan teknik pembuatan batik tradisional.