Penyebab diare yang utama berasal dari bakteri seperti E-Coli, Salmonella dan Staphylococcus yang tersebar baik dari udara, makanan, ataupun minuman. Diare tentu saja sangat erat kaitannya dengan kurangnya kebersihan lingkungan, oleh sebab itu biasanya diare akan sangat mudah menyerang anak -anak.
Namun ada penyebab lain yang dapat menimbulkan penyakit ini, antara lain :
- Infeksi oleh virus atau parasit.
- Alergi terhadap makanan atau obat tertentu.
- Infeksi oleh bateri atau virus yang menyertai penyakit lain seperti campak, infeksi telinga, infeksi tenggorokan, malaria, dan sebagainya.