Pondok Pesantren Miftahul Huda Kroya merupakan lembaga pendidikan yang telah berdiri secara resmi sejak tahun 1960an yang didirikan oleh bapak KH. M. Mihajul Adzkiya. Pada awal mula dalam perintisan sebuah pesantren terdapat dua kamar asrama dan sebuah langgar yang digunakan sebagai tempat menuntut ilmu keagamaan yang berada di selatan stasiun Kroya pada waktu itu.
