Ia membentuk kabinet bernama "Kabinet Gotong Royong" bersama dengan pasangannya, Hamzah Haz. Program kerja kabinet ini mencakup empat poin utama, termasuk mewujudkan otonomi yang kuat bagi daerah, menyehatkan sistem perbankan, memperkuat peran TNI dan Polri, serta menegakkan supremasi hukum.
Selama pemerintahannya, Megawati menghadapi tiga masalah utama, yaitu pelanggaran hak asasi manusia yang perlu ditangani secara tegas, penurunan tingkat pengangguran dan perekonomian yang harus diperbaiki, serta penurunan kewibawaan sistem hukum yang menimbulkan tantangan dalam menegakkan keadilan. Meskipun dihadapkan pada tantangan-tantangan ini, pemerintahan Megawati berusaha mengatasi masalah tersebut dan melaksanakan program-program kerja untuk mencapai tujuan pemerintahannya.