Lahirnya Hari Santri tidak lepas dari peran besar para santri dan ulama pesantren dalam memperjuangkan serta mempertahankan kemerdekaan Indonesia.
Sejak masa penjajahan, mereka telah berjuang melawan penindasan dan kolonialisme melalui berbagai cara, baik perlawanan fisik maupun intelektual. Para santri dan ulama juga turut menyebarkan nilai-nilai Islam yang membawa rahmat bagi seluruh alam, bersifat toleran, moderat, dan inklusif.
Salah satu peristiwa penting yang menjadi dasar penetapan Hari Santri adalah Resolusi Jihad yang disampaikan oleh KH Hasyim Asy'ari, pendiri Nahdlatul Ulama (NU), di Kampung Bubutan, Surabaya, pada 22 Oktober 1945