Dalam pengelolaannya, justru terdapat isu-isu permasalahan di wilayah pesisir Riau Kepulauan antara lain :
- Kerusakan terumbu karang
- Abrasi/erosi terjadi dipantai yang terbuka terhadap rambatan gelombang yang dibangkitkan oleh angin. Abrasi yang intensif terjadi di pantai timur pulau Natuna saat bertiup angin muson utara – timur laut. Abrasi yang intensif juga terjadi di pantai timur pulau-pulau kabupaten karimun, akibat adanya penambangan pasir laut di dasar perairan tersebut. Abrasi terjadi akibat penggalian yang intensifnya hantaman gelombang karena berkurangnya peredaman energi dan gelombang.
- Penurunan kualitas air di sekitar perairan Karimun kerena peningkatan kekeruhan akibat penambangan pasir.
- Peningkatan aktivitas kepelabuhan dan industri seperti pelayaran, konstruksi galangan kapal yang merupakan potensi pencemaran terutama di sekitar pantai baguan barat dan utara pulau Batam dari segulung, sekupang dan batu ampar.
- Overfishing
- Kerusakan habitat
- Penggunaan alat tangkap yang dilarang oleh pemerintah seperti : penggunaan bahan peledak, racun (Potassium sianida), Trawl,/ pukat harimau yang secara ekologi merusak kelestarian sumberdaya alam terutam terumbu karang.
- Dampak penambangan yang bersifat negatif misalnya pencemaran kualitas lingkungan, erosi, abrasi dan hilangnya pulau-pulau.