Kehadiran lembaga Wali Nanggroe memang menjadi perdebatan hingga saat ini di Aceh. Di satu sisi, kehadirannya merupakan konsekuensi politik logis atas pelaksanaan MoU Helsinki yang merupakan kesepakatan perdamaian antara GAM dan RI. Namun di sisi yang lain, jika kembali kepada kepentingan rakyat Aceh maka peran dan fungsi dari Wali Nanggroe juga tidak ada manfaatnya bagi rakyat Aceh bahkan disinyalir menjadi lembaga yang justru akan “tumpang tindih” dengan peran dan fungsi pemerintahan Aceh.