Insiden yang berlangsung sejak pagi hingga malam itu menyisakan duka bagi tiga korban tewas dan 143 lainnya luka. Selain itu, beberapa kendaraan dibakar massa, ditaksir kerugian mencapai sekian Milyar rupiah.
Kepala Satpolpp akhirnya diperiksa Komnas Ham, kamis, 22 April 2010, namun Harianto tidak banyak mengungkapkan isi pertemuan tersebut. Ia hanya menjelaskan tentang tahapan dari awal hingga akhir pelaksanaan penertiban yang berujung bentrokan itu. “Banyak pertanyaanya, lebih dari 10 pertanyaan,” ujar dia. Harianto menyebut tiga orang perwakilan Komnas HAM yaitu, Ridha Saleh, Ahmad Baso, dan Jhonny Nelson Simanjuntak, menayakan tentang prosedur penertiban. Dia mengatakan ,"penertiban di lapangan telah sesuai prosedur yang berlaku."
Anggota Komnas HAM telah melayangkan 13 pertanyaan kepada Harianto Badjoeri terkait peristiwa Tanjung Priok, dan semuanya telah dijawab. “Tapi ada yang belum jelas terutama masalah komando dan protap siapa penanggungjawab di lapangan, sampai terjadi kericuhan dan bentrokan,”
Masalah ini sebenarnya sudah dimediasikan terkait sengketa hak atas tanah di lokasi. “Yang sekarang didalami adalah sistem komando dan jaringan komunikasi penertiban itu,”
Mengenai statusnya di organisasi Satpol PP Pemprov DKI, Haryanto mengatakan sekarang ini dia dalam kondisi bebas tugas untuk sementara. “Saya tidak tahu sampai kapan. Itu tergantung pimpinan sampai kapan,” katanya.
Seharusnya Gubernur DKI fauzi Bowo hadir di Komnas HAM. Tetapi, dia tidak bisa datang karena mengikuti Rapat Paripurna DPRD DKI. Kehadirannya diwakilkan ke Walikota Jakarta Utara. Semuanya harus bertanggung jawab, jangan melempar tanggung jawab, yang bersalah harus dihukum.
