Meskipun beberapa pihak melihat MI sebagai alternatif pendidikan yang beragam dan berbasis agama, perkembangan ini menciptakan kekhawatiran terkait fenomena "SD sepi". Isu ini membuka permasalahan seputar keseimbangan dan vitalitas SD dalam struktur pendidikan dasar. Walaupun para pendukung MI mengapresiasi nilai-nilai unik yang ditawarkannya, skeptisisme muncul tentang dampaknya terhadap SD yang mungkin kehilangan daya tariknya.
Penyebab mendasar dari fenomena "SD sepi" ini tampaknya terkait dengan preferensi masyarakat terhadap pendidikan berbasis agama yang diberikan oleh MI. Dalam beberapa situasi, masyarakat mungkin lebih memilih MI karena menilai pendekatan keagamaan yang lebih kuat dan beragam. Keputusan ini mencerminkan dinamika nilai dan preferensi dalam masyarakat, di mana pertimbangan agama memainkan peran penting dalam memilih jalur pendidikan bagi anak-anak mereka.