Pada tahun kedua kepemimpinan SBY-Boediono, terjadi reshuffle kabinet dengan merombak beberapa menteri dan menambah posisi wakil menteri pada beberapa kementerian. Dari sebelumnya tujuh wakil menteri menjadi 20 wakil menteri. Aturan khusus pun dibuat untuk melegitimasi keberadaan Wakil Menteri yang tidak harus pejabat eselon I-A untuk mengakomodir calon Wakil Menteri tertentu. Aturan khusus yang dimaksud adalah Peraturan Presiden Nomor 76 Tahun 2011 tertanggal 13 Oktober 2011.
