kepulauan raja ampat merupakan tempat yang berpotensi untuk dijadikan objek wisata, terurama untuk wisata penyelman. perairan kepulauan Raja Ampat menurut berbagai sumber merupakan termasuk 10 kepulauan terbaik untuk diving site di seluruh dunia, mungkin juga diakui sebagai kelengkapan untuk flora fauna bawah air saat ini.
ada beberapa spesies yang unik pada saat menyelam, yaitu diantaranya kuda laut katai, Webeggong, dan ikatan pari Manta. juga da ikan endemik Raja Ampat yaitu Eviota Raja, yaitu semacam  ikan gobbie.  Di Manta point yg terletak di Arborek selat Dampier, Anda bisa menyelam dengan ditemani beberapa ekor Pari Manta yang jinak seperti ketika Anda menyelam di Kepulauan Derawan, Kalimantan Timur. Jika menyelam di Cape Kri atau Chicken Reef, Anda bisa dikelilingi oleh ribuan ikan. Kadang kumpulan ikan tuna, giant trevallies dan snappers. Tapi yang menegangkan jika kita dikelilingi oleh kumpulan ikan barakuda, walaupun sebenarnya itu relatif tidak berbahaya (yang berbahaya jika kita ketemu barakuda soliter atau sendirian). Hiu karang juga sering terlihat, dan kalau beruntung Anda juga bisa melihat penyu sedang diam memakan sponge atau berenang di sekitar anda. Di beberapa tempat seperti di Salawati, Batanta dan Waigeo juga terlihat Dugong atau ikan duyung.
