Secara garis besar film Perahu Kertas bercerita tentang Kugi (Maudy Ayunda), yang sedang
menempuh kehidupan barunya menjadi mahasiswa jurusan Sastra di Bandung.
Karakter Kugy cukup unik, dia dipandang orang disekitarnya sebagai pengkhayal dan memiliki kebiasaan aneh. Kugy senang melayarkan perahu kertas yang berisi isi hatinya, yang ia harapkan sampai kepada Neptunus. Dia menjadikan dirinya sebagai agen Neptunus dengan menempelkan dua jemari di kepalanya seolah menjadi radar untuk menentukan langkahnya.
